司马迁还经历了一个由盛转衰的历史时代。“文景之治”后，汉武帝初即位时，正是国力鼎盛时期：“至今上即位数岁，汉兴七十余年之间，国家无事，非遇水旱之灾，民则人给家足，都鄙廪庾皆满，而府库余货财。京师之钱累巨万，贯朽而不可校。太仓之粟陈陈相因，充溢露积于外，至腐败不可食。众庶街巷有马，阡陌之间成群，而乘字牝者傧而不得聚会。守闾阎者食粱肉，为吏者长子孙，居官者以为姓号。故人人自爱而重犯法，先行义而后绌耻辱焉。当此之时，网疏而民富，役财骄溢，或至兼并豪党之徒，以武断于乡曲。宗室有土公卿大夫以下，争于奢侈，室庐舆服僭于上，无限度。”[16]而武帝后期统治时则是：“武帝虽有攘四夷广土斥境之功，然多杀士众，竭民财力，奢泰亡度，天下虚耗，百姓流离，物故者半。蝗虫大起，赤地数千里，或人民相食，畜积至今（按：宣帝时）未复。亡德泽于民”[17]；“武帝始临天下，尊贤用士，辟地广境数千里，自见功大威行，遂从耆欲，用度不足，乃行一切之变，使犯法者赎罪，入谷者补吏，是以天下奢侈，官乱民贫，盗贼并起，亡命者众。郡国恐伏其诛，则择便巧吏书习于计簿能欺上府者，以为右职；奸轨不胜，则取勇猛能操切百姓者，以苛暴威服下者，使居大位。故亡义而有财者显于世，欺谩而善书者尊于朝，悖逆而勇猛者贵于官。”[18]；“奸猾巧法，转相比况，禁罔浸密。律、令凡三百五十九章，大辟四百九条，千八百八十二事，死罪决事比万三千四百七十二事。文书盈于几阁，典者不能遍睹。是以郡国承用者驳，或罪同而论异。奸吏因缘为市，所欲活则傅生议，所欲陷则予死比，议者咸冤伤之”[19]……

由盛而衰的巨大转变冲击着司马迁敏锐的史心，何况，遭逢国变之际他又猝遇李陵之祸。无庸讳言，李陵之祸对司马迁刺激很大，然而，难能可贵的是，司马迁既没有意志消沉，也没有迁怒于人，那巨大的刺激反而唤起他“穷天人之际，通古今之变，成一家之言”的雄心。

“究天人之际”的“天人”与董仲舒“天人感应”的“天人”不同。董氏援阴阳学入儒学，认为人间种种行为可与“天”显示的种种灾祥相应：人的行为是正确的，天便降祥瑞；人的行为是错误的，天便降祸殃。总之，“天”是有意志的，这有意志之“天”能够对人进行公正的奖惩。而在司马迁那里，“天”是无意志的。在《伯夷列传》中，司马迁有这样的质疑：“或曰：‘天道无亲，常与善人。’若伯夷、叔齐，可谓善人者非邪？积仁笃行如此而饿死！且七十子之徒，仲尼独荐颜渊为好学。然回也屡空，糟糠不厌，而卒蚤夭。天之报施善人，其何如哉？盗跖日杀不辜，肝人之肉，暴戾恣睢，聚党数千人横行天下，竟以寿终。是遵何德哉？若至近世，操行不轨，专犯忌讳，而终身逸乐，富厚累世不绝。或择地而蹈之，行不由径，非公正不发愤，而遇祸灾者，不可胜数也。余甚惑焉，傥所谓天道，是邪非邪？”这样的质疑其实是对赏善罚恶的有意志之天的否定，是看到了历史发展过程中的偶然性因素。在其他地方，司马迁还多次表现出这样的质疑，如“秦始小国僻远，诸夏宾之，比于戎翟，至献公之后常雄诸侯。论秦之德义不如鲁卫之暴戾者，量秦之兵不如三晋之强也，然卒并天下，非必险固便形埶利也，盖若天所助焉”[20]、“昔虞、夏之兴，积善累功数十年，德洽百姓，摄行政事，考之于天，然后在位。汤、武之王，乃由契、后稷修仁行义十余世，不期而会孟津八百诸侯，犹以为未可，其后乃放弑。秦起襄公，章于文、缪，献、孝之后，稍以蚕食六国，百有余载，至始皇乃能并冠带之伦。以德若彼，用力如此，盖一统若斯之难也。秦既称帝，患兵革不休，以有诸侯也，于是无尺土之封，堕坏名城，销锋镝，鉏豪桀，维万世之安。然王迹之兴，起于闾巷，合从讨伐，轶于三代，乡秦之禁，适足以资贤者为驱除难耳。故愤发其所为天下雄，安在无土不王。此乃传之所谓大圣乎？岂非天哉，岂非天哉”[21]等。

一方面，《史记》注意到历史偶然性，另一方面，《史记》也强调人的主体作用，这就是所谓的“究天人之际”。注意到历史偶然性就不会像许多史官那样为某些帝王幸运地得到天下而附会为种种神化的传说，强调人的主体作用则使《史记》很注重人之行为与成败祸福之间的因果关系，表现出理性主义的史学精神。例如，在《项羽本纪》中，司马迁指出：“吾闻之周生曰：‘舜^[shùn]目盖重瞳子’，又闻项羽亦重瞳子。羽岂其苗裔邪？何兴之暴也！夫秦失其政，陈涉首难，豪杰蜂起，相与并争，不可胜数。然羽非有尺寸乘埶，起陇亩之中，三年，遂将五诸侯灭秦，分裂天下，而封王侯，政由羽出，号为‘霸王’，位虽不终，近古以来未尝有也。及羽背关怀楚，放逐义帝而自立，怨王侯叛己，难矣。自矜功伐，奋其私智而不师古，谓霸王之业，欲以力征经营天下，五年卒亡其国，身死东城，尚不觉寤而不自责，过矣。乃引‘天亡我，非用兵之罪也’，岂不谬哉！”在《蒙恬列传》中，司马迁又指出：“夫秦之初灭诸侯，天下之心未定，痍伤者未瘳，而恬为名将，不以此时强谏，振百姓之急，养老存孤，务修众庶之和，而阿意兴功，此其兄弟遇诛，不亦宜乎！何乃罪地脉哉？”，这些都是“究天人之际”的很好例子。