倭寇的基本战术是派遣用人以下的小部队进入村落，这些小部队的进止必在严密的互相照顾之下。协同的信号是令人战栗的海螺声。这些入侵者善于使用当地的向导，并熟练地派遣尖兵和斥候，有层次地展开兵力，并以佯攻、驱使难民在队伍的前面等等方式，造成中国官军的扰乱和疑惑。中国官军根本无法对付这一套战术，即使是士气最为高昂的部队，他们的对策也不过是仅凭血气之勇猛冲敌阵，既无有效的队形，又缺乏侧翼和后续部队的接应，其经常遭到失败就为势所必然。南直隶和浙江两省，河流湖泊极多，官军溃退时有如狼奔累突，被践踏或被挤落水致死者也为数累累。有一次总督胡宗宪也在败退之中被推落水，几乎淹死。

除此以外，倭寇在和大部队官军遭遇时，还采取另一种战术，即先取守势以减杀官军的锐气，或者制造恐怖气氛使官军陷入心理上的劣势，然后待机出击。戚继光下面的一段记载可以作为说明：“余数年百战，但见诸贼据高临险，坐待我师，只至日暮，乘我精气冲出；或于收兵错杂，乘而追之。又能用乘锐气，盛以初锋。又其盔上饰以金银牛角之状，五色长丝，类如神鬼，以骇土气。多执明镜，善磨刀枪，日中闪闪，以夺士目。故我兵持久，便为所怯。

所以，总结以上的情况，不论官方文件如何强调这一战争是政府的官军围剿海贼，实际上却是中国的外行对付职业化的日本军人。

戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训活中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这很分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！”

道德义务的劝说加上群众固有的宗教信仰，使戚继光得以在所招募的新兵中建立铁一般的纪律。上文所说的“连坐法”虽然不可能经常被不折不扣地执行，但其杀一儆百的恐吓力量已足以使部队在强敌之前不易击溃。他所制定的赏罚原则并不完全决定于战斗的胜负。即使大败，有功者仍然要给予奖赏；相反，即使大胜，作战不力和临阵脱逃者仍然要受到处罚。在他的一本奏折里提到1562年的一次战役：他命令部队夺取一座倭寇占领的石桥，第一次进攻失败，一哨军官36人全部阵亡。第二哨继之而上，又损失了一半的人员。这时剩下的官兵企图后退。在现场督战的戚继光手刃哨长，才使攻势得以继续不衰，最终击破敌阵，大获全胜。而这次胜利，也就成了他一生中最值得纪念的事件之一。

这种严格的纪律固然是取得胜利的必要保证，但是它的残酷性也实在使人不寒而栗。士兵离队小便就会受到割去耳朵的处罚，而且据传说，戚继光的第二个儿子由于违犯军法而被他毫不犹豫地处死。这样的严刑峻法也许已经离开了通常的人情，但是，戚继光的这一治军方针终于造成了一支坚强的部队，后来他调任蓟辽总兵，有一次在大雨中向全军训话，唯独他从南方带来的3000名军士能几个小时屹立不动，如同没有下雨一样。

然则严峻的纪律，仅是治军方针的一面；另一方面则必需鼓舞士气。士兵的自尊心和自信心在这里起着重要的作用。一支经常被敌人打得落花流水的部队谈不上自尊和自信，必胜的信念有赖于能力和技术，而能力和技术又来自平时的刻苦训练。