面对这样令人焦虑的局面，戚继光的任务决不仅止于单纯地击败倭寇。他首先要组织一支新型的军队。从他的军事著作《纪效新书》中可以看到如何有条不紊地实施他的建军方案：宣布招兵的办法，规定月值的数字，拟订分配列兵职务的原则，明确官兵的职责，设计队、哨、局的组织，统一武器的规格，颁发旗帜金鼓这一类通讯器材，等等。建军方案的核心部分是确立铁一般的军法。军法的精神在于“集体负责”，即所谓“连坐法”，一队和一哨的官兵要互相保证在作战中勇往直前，不得退却。一人退却则一人被斩首，全队退却则队长被斩首，队长殉职而全队退却则全队被斩首。

《纪效新书》所涉及的内容非常广泛，甚至还记载了一种制作干粮的方法。然则这部著作的出现，也正好在另一个角度上反映出了当时的军训军令都没有固定的准则，专门研究军事技术的学校从未成立。如果部队手册、战斗纲要、编制表、后勤补给图解和军法条文等为军中必需的文字材料曾经存在，那么，它们不是没有付诸实施，就是早已不合现状，所以戚继光才会在他的书里不厌其详地作出规定和阐述。

在这种情况下，不论戚继光个人的意向如何，他所组织的新军就不可能不带上个人的色彩，所以人们就恰如其分地称之为“成家军”。值得注意的是，这支新军在建立30年之后，仍然还是成继光的个人部队。这自然又和文官集团的平衡原则大相凿辆。在文官们的心目中，戚继光的军队不是社稷的干城而是国家的威胁，加之他又和张居正关系极为密切，所以必须对他作严厉的弹劾。

在16世纪中叶，日本这一个岛国能够严重威胁本朝东海沿岸各省的安全，这种现象是很难理解的。合乎逻辑的倒是本朝的士兵应该超海进攻日本。因为当时的日本不仅地狭人稀，而且几十年来没有形成一个统一的政权，内战频仍，法律和纪纲可谓荡然无存。本朝是一个高度中央集权的国家，被一个极有组织的文官集团所统治，中央指挥地方如身之使臂，极少发生抗命的事情。同时我们这个帝国在名义上拥有当时世界上最大的常备军，人数多达200万。

但是这种假想的逻辑并不适用于现实。本朝的军制规定，常备军由200万“军户”提供，每户出丁男一人，代代相因不变。设立军户的目的，既在于保证官兵的来源，又在于保障“民户”不致因战争动员而受征兵的骚扰。这制度开创伊始，流弊即随之而来。民户被编入军户，大部出于强迫；即或出于自愿，也常常是基于权宜之计，时过境迁，当初的应带就不能矢守不渝。所以各个驻兵的卫所刚刚成立，士兵逃亡和换籍的事件即已层出不穷。时经一百多年，各卫所的土地，不少都为各军户抵押和出卖。长年以来，除了西北边境，绝大部分地区都承平无事，所以，一个卫所的实际兵员往往远较规定的编制为少，在退化最严重的卫所中，竟仅为规定编制的百分之二或三。对而且这些有限的士兵还常常被军官当作营造和运输的劳工，再不然就是留在家里充当仆役。

和这种每况愈下的情形相始终的是补给制度。本朝的军事供应和政事参合为一元。军队的粗钢补给，来源于地方政府的侧面供应。按理说，户部是国家财政的中枢，应该统筹全局，但实际上却类同于一个大型的会计机构，只是在账目上监督各个机关和各个地方政府的出纳。各个地方政府按照规定的数额把给养直接运交附近的军事单位，军区和中级以上的后勤机构。一个府县，可能输送食粮及银两于十几个不同的小单位；一个卫所，也可能接受十几个府县送来的粮食和银两。这种方法一经成为定制，就如盘根错节，任何高级单位也无法把补给点和补给线作合理的通盘改组，以适应形势变化的需要。于是供应不能足额的情况就时有发生。试想，由十几个单位分别按固定的数量供应，总难免有个别单位由于意外的情况而不能如额缴纳；而其他单位则并不负有补足缺额的义务，即或有这样的义务，也不见得就有这样的能力。所以在开国一百余年以后，书面的规定早已和实际的详情格格不入。纵使有局部的调整，充其量也不过见效于暂时而终于不免捉襟见肘。