蓟州军开始训练，就接受了优厚的财政接济以购买军马、制造火器及战车。这种和其他军镇的不平等待遇，惹来了大量的反感。接着又有一连串的矛盾跟着产生，诸如北兵和南兵的磨擦、军职的继承者和其他出身者的争执、因循守旧和锐意革新的冲突。张居正了然于这些情况，在他写给谭、戚两个人的私人信件里，再三叮咛他们务必谦恭退让，不要居功自傲。他警告戚继光说，“北人积愤于南兵久矣”，他们“多方罗致，务在挫辱之”，所以“务从谦抑，毋自启海”。有一次蒙古部队打算犯边，就在战事一触即发之际，俺答却放弃了原来的企图，下令掉头北撤。这一出人意外的事件，在张居正看来完全是由于谭、戚二人部署有方，才使俺答踌躇不前；然而邻近的两镇却把功劳据为已有。张居正虽然认为这种冒功邀赏可笑而且可耻，但是他却通知谭纶，他已经以皇帝的名义承认了这两镇的自我吹嘘，他也不让兵部查清事情的真相，以免纠缠争辩。他要求谭纶在奏折中不仅不要争功，反而要把功劳归于其他二镇，使他们“届青使死”。

张居正这种做法，表面上是损三益人，具有大政治家的风度；但是仔细研究，却仍是有阴有阳，无助于矛盾的根本解决。那怕是试成二人表现出无以复加的谦抑，各镇之间的利害关系也决不能因此冰消瓦解。因之内阁愈想公正平衡，旁人看来则在一明一暗之间有亲有疏，按担更多。以后反对张居正的人认为蓟州练兵是他培植私人的政治资本，也就毫不足怪了。

1577年谭纶病死，从此张居正和戚继光的关系更为密切。第二年张居正返江陵葬父，他还生怕这短期的离职引起成继光的不安，所以特地私下通知戚继光，接任蓟辽总督的将是梁梦龙。信上说；“孤之此行，甚非获巴。……到家事完，即星夜赴阔突。蓟事已托之鸣泉公，渠乃孤之门生，最厚；该不相负。”梁梦龙字鸣泉，在翰林院与张居正有师生之谊。他在万历一朝的事业，也赖张居正的提拔为多。张居正这样倾肠相告，自然使戚继光更加感恩戴德。是以首席大学土的江陵之行，戚继光派出了一整连的鸟镜手作为护卫，张居正选择了其中6名随行，作为象征式的仪仗，同时也表示了首辅和蓟州戚帅关系之密切。兹事前后，蓟州总兵官的传骑携带各种文件和信件不断来往于首辅私巩这更使他们的反对者在日后清算张居正的时候，有所借口，甚至指斥他们图谋不轨了。

戚继光在前州创造的战术，可以称之为“步兵军官的各兵种协同”。要对这种战术作出评论，必须顾及他所受到的各种条件的限制。当时，现代化的武器传入不久，而北方士兵的素质又极不理想，他所依靠的主要力量仍然是来自南方的旧部，为数约一个旅左右。他把这一个旅的兵力作了适当的配置，并以此为全军的核心，以防御蒙古的10万铁骑突然来袭。

抗倭战争中使用的“鸳鸯阵”，是一种以小股步兵为主的战术，目的在于对付海寇并适应南方的地形特点。而蓟州军镇的任务是防御蒙古的大部队骑兵，因而这种在“鸳鸯阵”的基础上发展而成的新技术也就初具了各兵种协同作战的规模。

战车的使用成为这种战术的重要组成部分。这种战车的性能以防御为主。形状和民间的大车相似。所不同之处，在于民间的大车的车箱两侧各有箱板，而这种战车只有8片可以折叠的屏风，共长15尺，平时平放在车辕上，作战时打开树立在一边车轮之后以代车箱，所以又称“偏箱车”。几十辆战车可以并肩衔接，摆成圆形或方形的防御据点。屏风最靠边的两扇可以前后摇摆，有如门叶，以供步兵出入。