如果查阅官方的史籍，书上都明确无误地记载了全国的补给已由中央统筹分配，而实际的执行却全赖直不相属的下级机构。地方政府和地方军队之间的补给关系已如上述，即使是运往北京的治粮，其运输的情况也十分奇特。所谓港粮，就是从南方大多数府县中征收田赋所得的，通过大运河而运往北京的粮食。按明文规定，清运由专业化的军上负责运送，运送的军士即称之为运军。全部运军有官兵12万人，分驾运粮船12000艘。但是这个庞大的队伍却没有一个统筹后勤的机构来做周密的安排，以使其秩序井然地运转。粮船直接在江南的水滨接受纳税者所缴纳的谷米，然后解线北运。一艘粮船由一个下级军官管理，并直接对中央政府负责。在所运的粮食送达北京附近的张家湾仓库以前，粮船上全体官兵的人身自由、生命财产甚至妻子儿女，都等同于保证这次运输安全的抵押品。因为除此而外，别无更好的方法可以作有效的管理。至于粮船的制造，也同样表现了散漫和缺乏组织的特性。这些粮船的法定使用期限为10年，过期就需要重新建造。在淮河沿岸设有“船厂”一处，是全国最大的造船场所，其产量的高峰为年产700股以上。然而这个所谓船厂实际上由82个小型船厂拼合凑拢，各厂之间各自经理。虽有一个类似于总管理处的机构，它却无统一调度人力和物资的权能，自然也更谈不上有效的技术分工。

不消多说，组织上的低能必然造成装备上的落后。本朝并不完全缺乏这方面的能工巧匠，但是他们都被集中到皇城里，专门为皇帝的禁卫军制造精美的甲胄。一般的野战军只能服用树以小铁片的棉布袄，或者由纸筋搪塞而成的“纸甲”。至于士兵们使用的武器，也大多是由各地府县作为赋的一个部分制造缴送，质量既有欠精良，规格也谈不上标准化。

以上种种落后的情况，使本朝野战军的战斗力几乎与农村的民兵相去无几。与这种情况相一致的，是对于将领的选拔。在当权者看来，一个将领所应该具备的素质是勇敢粗豪而不在于头脑清晰。上文所提到的刘挺，外号人称“刘大刀”，根据夸大了的描写，他所用的按铁大刀重120斤，可以在马上“轮转如飞”。和刘级同在辽东战役中牺牲的杜松更为粗蛮卤莽。他在作战时身先士卒，可是一旦战败，就会毁坏自己的兵器甲胄以发泄怒气，而且不断声称必须自杀或者落发为僧，毫无镇定从容的大将风度。因之，此人被努尔哈赤称为“杜疯子’。

军官的任命多数以“世荫”的形式而继承父业。任命的程序相当复杂，大致是高级将领的子孙需要降几级继承，下级军官则无须降级。从本朝中期开始，情况稍有改变，自兵部尚书刘大夏奏难推行武试，任何有志于成为军官的人只要考试及格就可以取得进身之阶。但事实上由考试及格充当军官并上升为高级将领的，可谓绝无仅有。而且这种武生的考试又重在刀枪弓马的是否拥熟，由文官主持的笔试，其要求不过是粗通文字而从未涉及军事科学。各处所开办的“武学”，也以儒家经典作为主要的讲授内容，其教学进度，以“每日总授不过二百字”为原则。

用这种方法培养出来的高级将领，几乎很少有人具备运筹帷幄的谋略。其实这也正是文官集团所预期的目的。将领既然大多属于一勇之夫，当然就有必要任用文官作为总督巡抚，让他们来指挥各级武官。在总督巡抚之下还有“兵备使”或“海防道”，他们名为监察，实则握有调度攻防的权力。在军政方面，人事的任免以及补给、交通各项也统统由文官主持。

这种军事体制的设计，显而易见，其重点不在于对付敌国的全面入侵，同时也不打算全面进攻敌国。发生在1449年号称“土木之变”的战役，正统皇帝为瓦刺所俘虏，已经暴露了军事体制中致命的弱点。然而这样震惊全国的事件仍然没有能够引起应有的重视与改革。武备继续废弛，军事组织不断衰退。文官们只要在他们的任期中保持平静无事，则一切有关军队改造的计划大可束之高阁。一直到16世纪中叶，倭寇的势力大张，不仅屡次攻破了被视为固若金汤的东南海防，而且长驱直入，视守军为无物，这才使中枢的文官惊醒，发现这低能的军事制度将要危及整个帝国以及他们个人的安全。穷则思变，改革已成为势所必然，而改革的初步，仍在于选择有创造精神的高级将领，他必须在战略上深谋远虑，而又精通各种战术。