除了献血为盟为外，戚继光还在他的麾下创造了很多宗教式的做法。比如，他亲自设计制作各营连的军旗，在军旗上绘绣天上的星星或者传说中鸟首人身的图象，以象征他们的指挥官。他重视黄道吉日和生辰八字，而在向部下训话的时候，又常常提到善恶的因果报应。难道本朝最为出色的军人竟沉沦于迷信之中？这连四库总目提要油编者都感到别扭，不知应当如何评论他著作中的这些内容。

但是用视而不见的态度抹去遮盖这些事实，就是不忠实于历史；对一个英雄人物隐恶扬善，也并不是真正的推崇。戚继光的复杂来自环境的复杂，如果指望他简单得如同海瑞，无疑是不近清理。写历史的人既知道戚继光是一代卓越的将领，一位极端刚毅果敢的军人，也是一位第一流的经理、组织家、工程建筑师和操典的作者，则自然应当联想到假如他不精通政治间的奥妙，就决不可能同时做好这么多的事情。戚继光所生活的时代，落后陈旧的卫所和军户制度早应该全盘放弃，而代之以先进的募兵制度；零碎的补给，也早就应该集中管理。然而我们的帝国不允许也没有能力作全面的改革，只好寻找出一种妥协的力、法来作部分的修补。戚继光的天才，在于他看准了妥协之无法避免；而他的成功，也在于他善于在技术上调和各式各样的矛盾。妥协的原则，是让先进的部门后退，使之与落后的部（不至相距过远。在组织制度上没有办法，就在私人关系上寻找出路。具体来说，没有文渊阁和张居正的全力支持，就没有强有力的蓟州军区和戚继光。他的部队和他本人充满了矛盾，在火器已经在欧洲普遍使用的时候，他动员大批士兵修建碉堡；在他的混成旅里面，枪炮手和藤牌手并肩作战。他一方面是这样精细，仔细计算口出日没的时间；一方面又这样野蛮，把违反军纪的士兵割去耳朵。这些极端矛盾的事实，在其他国家内，可能彼此相隔几个世纪，而我们的帝国则在一个军区内同时出现。

戚继光是否是一个超自然的崇拜者？从某些方面来说，他和很多同时代的人物一样，确实有这样的倾向。但是在有些时候，超自然的信仰却只是一种治军的手段。在一次向皇帝陈述意见的奏折里，总兵戚继光坦率地指出，北方的军官，“自将领而下，十无一二能辨鲁鱼”。将领如此，士兵的文化水准更可以想见。要是主将不用宗教迷信的因果报应作为规劝，还有什么其他办法辅助军事教育？

面对另外的对象，戚继光可以立即改变语气。比如说，他在军区中建造的私宅命名为“止止堂”，运用《庄子》中“虚室生白，吉祥止止”的典故，表示他谦抑自持，愿意在虚静之间得到吉祥。他的文集，起初称为《愚愚稿》，也就是向所有的文人表明他本人愚鲁而作品笨拙，不敢和别人媲美。

戚继光的长处，在于他没有把这些人事上的才能当成投机取巧和升官发财的本钱，而只是作为建立新军和保卫国家的手段。他深知一个将领只能在社会情况的允许之下才能使军事科学和军事技术在现实生活里发挥作用。他接受这样的现实，以尽其在我的精神把事情办好，同时也在可能的情况下使自己得到适当的享受。至于合法或者不合法，从他的政治的眼光看来已无关宏旨。

他和谭纶和张居正的关系如此密切，虽说他精通政治但是最后仍不能逃避政治中的现实。张居正死后，廷臣提醒万历：戚继光是伏在富门之外的一头猛兽，只听张居正的操纵，别人无法节制。这也正是控诉张居正意图谋逆的理由：张居正和戚继光没有造反的证据，却有造反的能力。所以，在清算张居正的运动中，法官追问张的儿子插修，为什么他父亲在日，要在夜间派人与成帅书面联络？