1959 年1 月1 日，卡斯特罗领导的古巴革命推翻了美国支持的巴蒂斯塔政权。成立新政权之初，美国和古巴关系还比较好。2 月，卡斯特罗出任总理，访问了美国，受到艾森豪威尔政府的热烈欢迎。美国的目的是想把古巴纳入它的势力范围。但是，到了6 月份，新政府的领导成员发生了很大变动，政府的重要部门绝大多数被主张激进政策的人所掌握。美国对此表示不满，企图逼新政府就范。但古巴政府不肯屈服于美国的压力，由此两国关系日趋恶化。

1961 年1 月5 日，美国宣布同古巴断交。同年4 月，美国支援雇拥军入侵古巴，结果以惨败而告终。同时，美国加强了对古巴的经济封锁。这使得处于困难时期的古巴经济更加恶化。在这种情况下，卡斯特罗不得不向苏联寻求援助。

苏联出于同美国争夺世界霸权的需要，正想在美洲找一个立足点。古巴求援，正是赫鲁晓夫求之不得的事情。1960 年，古巴就和苏联恢复了外交关系。在美国与古巴断交后，苏联就逐渐增加了对古巴的经济、军事援助。最后，赫鲁晓夫决定把导弹运进古巴。随着古巴和苏联的关系日趋密切，美国政府也越古已导弹危机来越感到不安。

1962 年7 月2 日，古巴武装部队部部长劳尔卡斯特罗到苏联访问，两国政府达成一项协议：当年秋天，苏联要在古巴秘密部署核导弹。具体计划分两步走，第一步是运去萨姆导弹和米格一21 战斗机等防御性武器。第二步是待这种地对空导弹部署好，可用来保卫基地和阻止美国间谍飞机对古巴上空进行摄影侦察后，立即运进弹道导弹和能够运载核弹头的伊柳辛28 喷气式飞机等进攻性武器。

经过伪装的第一批武器是在7 月下旬用商船运抵古巴的。美国中央情报局的情报人员从古巴难民口中获悉了古巴港口比往常显得繁忙的情报，于是进行了观察研究。三个星期后，中央情报局给总统肯尼迪送去一份紧急情报：苏联大概已经在古巴建立了地对空萨姆导弹发射网。

肯尼迪警告苏联说：我们不会容忍进攻性武器进入古巴。否则，将会发生最严重的事情。同一天，赫鲁晓夫也给肯尼迪写了一封信，他在信中表示，在11 月美国国会选举之前，他不会挑起任何事端。

肯尼迪当然不会相信赫鲁晓夫的话。他命令U—2 飞机增加对古巴上空侦察次数。侦察提供的证据表明，那些军事设施是防御性的。但与此同时，美国情报机关通过古巴难民的渠道，不断听到关于核装置的传闻。为了弄清楚这些互相矛盾的情报，中央情报局建议U—2 飞机重点对古巴西部进行摄影侦察。这一建议得到肯尼迪总统批准。

10 月14 日，美国U—2 飞机开始对古巴西部圣克里斯托尔进行飞行侦察，发现那里已设置了苏联使用的机动中程导弹基地，还有正在修建的进攻性导弹基地。美国国家安全事务助理乔治邦迪在得知这一情报后，立即向肯尼迪总统作了汇报。

肯尼迪听后暴跳如雷，赫鲁晓夫显然欺骗了他。在古巴部署进攻性导弹，不仅是对美国的挑衅，更是对他本人的挑衅。如果不猛烈回击，就会有损于他在政府中的威信，削弱他在国会里的信誉，激起公众对他的不信任感。于是他指示乔治邦迪召集政府主要成员开会讨论对策。