庄胤城怕吴之荣再节外生枝，便向巡道衙门告发了吴之荣在湖州敲诈勒索的种种不法行径。巡道勒令吴之荣限期出境还乡。吴之荣又羞又愤，可还不死心，临走时厚着脸皮到朱佑明、庄胤城两家去告别，指望能捞到点油水。

庄胤城和朱佑明此时更不把他放在心上，自己不出面，让家里的丫环女仆出去，把吴之荣臭骂一通。这时巡道衙门的押解士兵也到了，不由分说就把吴之荣赶出了湖州地界。

吴之荣恼羞成怒，发誓报仇。他是满族人，在北上途中，千方百计又弄到了一部初版的《明史》。吴之荣为了集中打击庄、朱两家，便将书中“反清”的内容一一注明；又动手把书中的序言和参订人列名都撕掉，只留下庄廷鑨的名字，却擅自加上了朱佑明的名字。然后，他才将这部做过手脚的《明史》和检举信直接送呈给康熙初年最有势力的四个大臣。其中最专横凶暴的大臣鳌拜，当即决定抓住此事大作文章，镇压江南汉族知识分子。

鳌拜派了一位特使匆匆赶往浙江，追查这件事。

特使一到湖州，立即把庄胤城抓去，一顿毒打，逼他招供同谋，披枷戴镣打入死囚牢中。特使又命令湖州知府取出库存的《明史》书版供查证。这时没收书版的前任知府陈永命已被罢官，新任知府谭希闵到任刚半个月，还没来得及查点仓库，所以不知道有这套书版。特使便直接把管仓库的人叫来问，管库人说有。特使便借机要挟谭希闵，说这是个严重渎职，暗示谭希闵只要弄点“好处”给他，他便可以帮谭希闵遮掩过去。谭希闵为官比较清廉正直，又觉得这实在不是自己的过错，断然拒绝了。特使怀恨在心，后来竟刻意陷害，以至谭希闵被判绞刑，死于非命。

康熙元年（1662 年）十月，庄胤城被押解到北京，由于备受折磨，已经喉咙暗哑，不能出声，不久就死在狱中，死后还被分尸！

康熙二年（1663 年）正月，鳌拜又派人到杭州，会同当地总督巡抚，把与此事有牵涉的人，统统抓起来审讯，连将军松魁也没放过。后来因为松魁是满人，不认识汉字，才算逃得一条性命，革职回家。程维藩也落了一个杀头之罪。

吴之荣指着那部《明史》上他加上去的朱佑明的姓名，一口咬定朱佑明也参预了此事。朱佑明有口难辩。正巧朱佑明与湖州府学教谕赵君宋关在一起，朱佑明哀求赵君来说：“你是最早查出《明史》罪状的，将来肯定会受重赏。假如你能救活我一家，我情愿用一半家产酬谢你！”赵君宋贪图朱佑明应许的百万家财，拍胸脯答应下来。第二天，赵君宋报告说：“大人们看到的那部《明史》不全，姓名也不准确：我藏有一部完整的原刻本。”清兵押着他回家取来原本，上面果然没有朱佑明的名字，但列名其上的几十位知识分子，顿时都遭了殃。查继佐、陆圻、范骧三人虽然曾经举报过此事，并已被证明与此事无关，仍然被抓起来再审讯，并且将查家、陆家、范家三家老小共176 人全部关人狱中。尽管这三家人最后是无罪释放了，但在监狱中已经大吃苦头。最倒霉的是赵君宋，本应是无罪的，这时却因为“收藏逆书”，断送了一条性命。

朱佑明的名字被证实不在修订名单内，本可以度过难关了。