张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最率众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用怫家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如火火聚，得清凉门。’既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。

申时行没有做烈土的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用想道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。

除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有限则有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。

申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。

他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日见被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，伊然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。

在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个人翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用撤。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学漠却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取港舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学漠已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。

这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小富的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。