他采取突然袭击的方法，先囚禁了孙中山的亲密战友和得力助手廖仲恺^[kǎi]。

6 月15 日晚上10 时，一位有正义感的军官用电话报告孙中山：今夜广东军队可能发生叛乱，请大总统务必离开总统府。孙中山以为这是谣言，没有相信。过了一会，孙中山的秘书跑来报告说：“今夜情势危急，陈炯明即将发动叛乱，并将谋害大总统！”孙中山仍不相信陈炯明会对他下毒手。

6 月16 日凌晨两点，一位军官冒险从粤军兵营中逃出来，赶到总统府向孙中山报告：“现在粤军已经吃饱了饭，马上就要出动。陈炯明已准备了20 万现款，作为谋害孙中山的赏金！”说这话时远处已经隐隐传来叛军的军号声。

孙中山的夫人宋庆龄再三催促孙中山离开总统府。孙中山身边的工作人员见形势不容再犹豫，便挽住孙中山的手臂，带着他离开了总统府。孙中山命令50 名卫队全部留守总统府，就与工作人员悄悄地走出了大门，消失在漆黑的夜幕中。这时叛军已在总统府周围布满了岗哨。孙中山身穿一件白夏布长衫，戴一副墨镜，看上去好像是一位中医。走到财政厅门前，一队叛军迎面走来，孙中山不动声色，镇静地穿过叛军的队伍，走到了海军总司令部，登上了停泊在白鹅潭的楚豫舰。

凌晨3 时30 分，陈炯明下令开始炮击位于观音山下的总统府。叛军登上了观音山，居高临下，左右夹攻，用野战炮猛轰总统府，同时大喊：“打死孙中山！”气焰十分猖狂。

驻守总统府的总统卫队同叛军展开了激烈的战斗。叛军发动十几次冲锋，都被卫士们用手提机关枪击退，叛军死伤300 多人。这时，宋庆龄仍然坚持在总统府内，她处理完了机要文件，才在卫士们的掩护下撤出总统府。

宋庆龄头戴草帽，身上穿着孙中山的雨衣，在姚观顺副官和两名卫士的护卫下，冒着密集的炮火，混入避难的人群中。从早上8 时到下午4 时，经过了8 小时的躲避与辗转，宋庆龄才同孙中山会合。当时，孙中山正与外交总长伍廷芳商量应变的对策，见宋庆龄脱险归来，心中十分欣慰，但他只简单地同宋庆龄谈了几句，就继续同伍廷芳谈起了工作。这种为国忘私的精神，使在场的人都十分感动。

从这一天起，孙中山以海军永丰舰为基地，组织镇压叛乱的工作。

6 月17 日，孙中山乘坐永丰舰，率领其它的6 艘军舰，开到了白鹅潭，以密集的炮火轰击陈炯明的叛军，打死打伤叛军数百人。叛军还击的炮弹打穿了永丰舰，孙中山仍毫无畏惧，镇定自若地指挥战斗。但在广州城内的忠于孙中山的陆军部队，没能参加战斗，致使海军孤军奋战，难以取得胜利。

孙中山只得亲笔写下秘密命令，要在江西前线的北伐军将领李烈钧、朱培德、许崇智等人迅速返回广东平定叛乱。

在等待援军的日子里，孙中山只得困守在永丰舰上。然而陈炯明并没有就此罢休，他竟丧心病狂地悬赏20 万大洋捉拿孙中山。然而孙中山整天在永丰舰上不下来，永丰舰又戒备森严，任陈炯明有通天本事，也捉不到孙中山。