但是，鉴定那张便笺笔迹的专家们，却没有能得出一致意见。其中法兰西银行字迹专家戈贝尔，坚决认定便笺上的字并非出自德雷福斯之手。专家们最后作出了“物证根据不足”的结论。这时，军方也觉得逮捕德雷福斯过于轻率。但是，由于逮捕的决定是陆军部长梅西埃将军亲自作出的，为了维护军队和首长的威信，只好将错就错，既不愿轻易释放，又迟迟未能开审。

在这骑虎难下的尴尬时刻，军队中的一些人为了摆脱困境，并利用这一案件达到他们反犹太的政治目的，想方设法要给德雷福斯安上间谍罪名。他们不惜违反国家法律和军队纪律，公然把军队里尚在秘密侦查中的“案情”，向反犹太的报纸《自由论坛报》等透露。梅西埃部长甚至在审讯前，就公开向报界确认德雷福斯就是罪犯。这些报纸如获至宝，借此大作文章。因为德雷福斯既是“可恶”的犹太人，又是“里通德国”的间谍，这正是煽动反犹排犹的绝妙材料。甚至还有人造谣说：犹太人正用金钱赎买“卖国贼”德雷福斯的自由，扬言应对他判处死刑。

在这种情况下，军事法庭不顾被告方面的抗议，于1894 年12 月举行了秘密审讯。第一天审讯下来，连军事法官们也认为证据不足。亨利见势不妙，便在法庭上以军官的名誉宣誓后，用手指着德雷福斯说：“奸细就是他！”

正当军事法庭经过四天审讯，暂时休庭以讨论判决的关键时刻，陆军部长梅西埃将军竟编造了一份德雷福斯的“秘密档案”。在这份“密档”里，塞进了他们经过精心篡改的“罪证”。

既然是陆军部长的旨意和命令，军事法庭便不顾案情真相，全体一致判定德雷福斯有罪，判处无期徒刑，革除军职，流放到法属圭亚那附近的魔鬼岛要塞终身囚禁。随后，被告的上诉也被驳回。

1895 年1 月，在法兰西军事学院操场中央，举行当众革除德雷福斯军职的仪式。对军人来说，最大的羞辱莫过于当众革职了。德雷福斯的肩章被扯去，帽徽被摘掉，勋章统统被除下。最后，他的军刀也被一折两段，扔在地上。同年4 月，德雷斯福被押往魔鬼岛服刑。

当时，法国舆论不明其中冤屈，还赞扬军队处事果断，雷厉风行。有人甚至对德雷福斯未被判处死刑而感到愤慨。

德雷福斯在这突如其来的诬谄打击下，坚贞不屈，他在一切场合，始终表白自己无罪。审讯判决前，当局曾软硬兼施地要他认罪，并许诺：如他供认了，就可从轻判处，但遭到了德雷福斯的严词拒绝。德雷福斯的哥哥不惜倾家荡产，四出营救；他的妻子深信丈夫无辜蒙冤，一次次写信鼓励他、安慰他。

尽管德雷福斯一家人到处奔走，要求伸张正义，以营救无辜的亲人。但是，由于反犹太主义和沙文主义猖撅，巴黎的犹太人士和某些报纸明哲保身，舆论也渐渐把此事淡忘了。德雷福斯冤案眼看山穷水尽，伸冤无日了。

德雷福斯究竟犯了什么罪？定罪的根据是什么？总参谋部自己也不能自圆其说。要知道，德雷福斯一家毕竟不是一贫如洗的老百姓，就连他妻子也是巴黎大钻石商的女儿。德雷福斯一家决心花费巨额金钱，采取各种手段设法弄清真相，这对官方是有一定压力的。参谋部理亏心虚，不得不进一步搜集“证据”，以进一步证实德雷福斯的“叛国”罪行。

自德雷福斯被捕后，军事情报仍不断走漏。负责德雷福斯案件的皮尔卡中校，在一次查阅档案时，看到埃斯特拉齐要求调动工作的书面申请，觉得字迹十分眼熟，和德雷福斯案件中的那张便笺极为相似。于是，他从案卷中取出便笺，两相对比，发现笔迹果真一模一样。儿名字迹专家也一致肯定这两份材料是同一人手笔。至此，皮尔卡确信，埃斯特拉齐不仅同德国武官有着十分可疑的关系，而且他就是写那张“便笺”的人，从而可以断定德雷福斯是受冤枉的。

皮尔卡为人正直。他立即将这一案情的重大发现向总参谋部长官汇报，敦促军队争取主动，重审此案。