这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作净谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及人父的责任也没有尽到，其唐突之处，真的是古今罕有。

嘉靖皇帝读罢奏疏，其震怒的情状自然可想而知。传说他当时把奏折往地上一摔，嘴里喊叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边一个宦官为了平息皇帝的怒气，就不慌不忙地跪奏：“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的”。〔143嘉靖听完，长叹一声，又从地上捡起奏本一读再读。

嘉靖没有给予海瑞任何惩罚，但是把奏章留中不发。他不能忘记这一奏疏，其中有那么多的事实无可回避，可是就从来没有人敢在他面前那怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜物”。有时他责打官女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”

此时嘉靖的健康已经欠佳，他曾经动过退位为太上皇的念头，可是这种放弃天下职责的做法，在本朝又并无先例。在1566年阳历2月底，他左思右想，气愤难平，终于下令锦衣卫把海瑞逮捕到东厂禁锢。刑部议决对海瑞按儿子诅咒父亲的律例处以绞刑，然而嘉靖皇帝在以前虽然批准过许多人的死刑，在这时候却没有在刑部的建议上作任何的批复，因此，海瑞就在狱中住了10个月。

有一天，狱中忽然没酒肴相待。海瑞以为这是临死前的最后一餐，他神色不变，饮食如常。提牢主事悄悄告诉他，皇帝业已升通，新君不日即位，你老先生乃是忠臣，一定会得到重用，海瑞听罢，立刻放声号哭；号哭之余，继以呕吐。

1567年年初隆庆皇帝登极，海瑞被释出狱。对他的安排立即成了文渊阁大学士和吏部尚书的一个难题。他的声望已为整个帝国所公认。他当然是极端的廉洁，极端的诚实，然而从另外一个角度来看，也可能就是极端的粗线条，极端的喜欢吹毛求疵。这样的人不会相信为人处世应该有阴阳的分别，他肯定会用他自己古怪的标准要求部下和上司。对他应该怎么分派呢？看来比较稳妥的办法是让他升官而不让他负实际的责任。于是，在不长的时期内，他历任尚宝司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。这样一个闲营自然不能令海瑞满意，因为他是伦理道德的坚决信奉者和实行者，对国家和人民具有高度的责任感。

1569年年初的京察，按照惯例，凡属四品以上身眼红袍的官员都应当作出自我鉴定。于是海瑞在奏折中说：陛下既然赦免了我的死罪，又对我破格把升，在所有的文臣之中，没有一个人会比我更加迫切地要求报答陛下的恩典。接着，他谦虚地声称自己才浅识疏；又接着，他表示自己现任的职务只是专管查看呈奏给皇帝的文书，看罢以后原封发送，既无财政责任，又用不着下左右全局的决心，但是连这样的一个位置还不称所职，所以不如干脆把我革退！”

这样看来，海瑞并不是完全不懂得阴阳之道的精微深奥。他阳求罢免，阴向管理人事的官员要挟：如果你们真的敢于罢黜我这样一个有声里的、以令谏而名著天下的忠臣，你们必然不容于舆论；如果不敢罢黜我，那就请你们分派给我能够实际负责的官职。

文渊阁和交部终于向他低头。当年夏天，海瑞被任命为南直隶巡抚，驻扎苏州。且不说这里是全国最富庶的地区，即使是一般地区，任命这样一位不由进士出身的人担任巡抚，也已属于罕见。但是这一地区历来号为难治，以海瑞的性格而就任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。事实不出所料，8个月之后，他遇到劾参而被迫退年。

海瑞的新职一经发表，南直隶的很多地方官就自己估计到将会不能见容于这位古怪的上司，因而自动离职或请求他调。缓绅之家纷纷把朱漆大门改漆黑色，以免炫人眼目而求韬光养晦。驻在苏州的一个宦官把他的轿夫由8人减至4人。举出这些琐事，就可以证明新巡抚大人声势之迅猛，足以使人震慑。