解职归田23年以后，申时行在原籍苏州度过了他按中国习惯计算的80寿辰。万历皇帝已多年不见他的老师和首辅申先生，他特派专使赴苏州祝贺存问，随带纹银50两、绣蟒彩缎一匹、其他绸缎4匹作为贺仪。当时申时行的健康情况已经不佳，但仍然挣扎着北向行礼如仪。他在秦本里表示感谢说，祝贺寿辰的圣旨已经供奉保存，以为子孙传家之宝，银缎则全部壁还，因为他无颜接受这样隆重的礼物。他身为皇帝的蒙师和首辅，但是未能克尽自己的职责。如果不是这样，何至理应继承大统的皇长子到现在还没有在翰林院的官员那里就读？又何至京内外大量的缺官无人递补？据说，万历读完奏章以后感到怅惘，但仍然无意于接受这含蓄的劝谏。

申时行把他的书房命名为“赐闲党’。上天已经赐给他闲暇，他就用来游山玩水，写字吟诗。可是很显然，不论是站在太湖之滨看着无情的浪涛拍击已被港蚀的崖岸，还是坐在书房里用典雅的韵文描写着烟雨零零的江南暮春，他都没有能忘情于世事。这23年中，他留下了一大批作品，在身后由家人结集镌版，是为《赐闲堂集》书中诗文内容涉及的各方面很广泛；但是一有机会，对往事的回忆和感慨总是很自然地在笔下流露。诗文中有不少暧昧、隐晦甚至前后矛盾的地方，然而我们并不能草率地认为他的著作有意欺人。从字里行间可以看出，他对他的一生功过有自己的看法，并且对这种看法具有信心。生当末世而身居首辅，他的困难带有时代性，其中情形特别，不是从组织上和技术上可以解决的。他没有明确的法律条文可资遵循，他只能依靠道德习惯和人事的手腕来应付一切。其中有内外参差之处，已不待言。在退职闲居以后，这位昔日的首辅对自己的过去毫无忏悔之意。他的思想平静，他的良心没有遗憾，因为形格势禁，他只能用调和折衷的办法来解决问题。他自信他在执政期间的所有措施均出自诚意，这一大前提使他们心无愧，至于成败利钝，那又并非他个人的力量所能左右。

他当然听到过别人的批评。有人说张居正虽然刚愎自用，毕竟还有所成就；而忠厚长者申时行的记录却如同一张白纸。对这些抹杀事实的意见，申时行自然不为所动。在他看来，以道德力量作为施政的根本，关键在于防止坏事发生，而不在于琐屑地去解决问题。如果真像批评者所说他的施政记录是一张白纸，这反倒证明了一切都已纳入规范，机构运转正常，因此无事可记。然则申时行自己明白，他没有能达到这个最高目的。至少，他这个皇帝的最高顾问，没有能找到一个大家都能接受的方案去解决继承问题。他竟为此而去职。对于这个问题，如果说有些人犯了错误，那他申时行的差失，也不会比旁人更严重，最低限度不会与二辅许国的错误相提并论。他身居首辅，处心积虑地想在幕后不动声色地解决这个难题，而许国偏偏不能体恤时艰，将折冲于博温之间的底细，全盘托底公布，以致弄到不可收拾。

申时行虽然号称谦虚抑让，但毕竟没有达到唾面自干的境界。他无意于接受那些在他看来是不中肯的批评，否则，他又何必把过去的事实和自己的看法来回反复地写入自己的诗文里，而且嘱咐儿子们在他身后结集刻印？显然，他期里后来的读者稍一思索，就能理解他施政措施的真正意义，并且承认他的成就超过了表面上的平凡。

今天重读《赐闲堂集》入恐怕多数读者可以承认，申时行在文渊阁的八年半时间里并非完全尸位素餐。他在行政上的成就，往往得力于微妙的人事安排。这样的方式本来就带有间接性，而他在执行时既不采取大刀阔斧的方式，也不多加渲染，这样，他的成绩就很少为人所理解，也更少为人所仰慕。举一事即可为证：假如他真是除了忠厚和平以外就一无可取，那么在他执政时期发生的黄河泛滥问题，一定比实际情形要严重得多。

自古以来，治理黄河就是我们帝国的一大难民由于河水流经黄土高原，疏松的黄土随着河水顺流而下，沉积于河床；河床过高，一旦遇到洪水，就极易冲决河堤，造成严重的水灾。每次决口，生命财产的损失均不可胜记。

可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置；其中技术上的问题和人力物力的动员，都需要这位钦差大臣在他职责范围之内就地解决。根据过去的经验，大规模整理河道，地区往往涉及数省，有时填高凿低，等于改造地形。在这样巨大的规划之中，自然会有意见纷纷，莫衷一是。有时尚未开工，争执已起。所以中枢虽不直接领导工程的设计和进行，但是它所采取的立场，却必然对全盘形势产生决定性的影响。如果一个总理河道的御史执行他的规划尚未及半，突然被参免职，而他的继任者又采取完全相反的主张办事，则百万生灵，就可能牺牲在这种官僚政治之下。

首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办、法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至造堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。