财政上的情况既是如此，在文官体制上，普遍使人感到困难的是各级地方官都没有实际力量足以应付环境的变化。他们没有完全驾驭下级的能力，因为各人自抽“常例”，即下级也拥有财政权；人事权则集中于北京，对下级的升降奖罚上级只能建议而无法直接处理。

体制上有欠周全，文官集团更需要用精神力量来补助组织之上的不足。这有本朝的历史记载为证。那些孔孟的信徒，在一旦需要的时候，可以不惜牺牲以完成任务。有的文官从来没有受过军事训练，却可以领导仓粹集合的民兵固守孤城，最后杀身成仁；有的文官不顾况暑疫疾，和民夫同饮食、共起居，在洪水的威胁下抢救危险的河堤。这些好处当然不应抹杀，然则它们带有冲动性质，也多个人成分，而且常常和紧急情况一起出现。一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符家。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。

这种局面不打破，文官的双重性格发展得越来越明显，这也是精神与物质的分离。一方面，这些熟读经史的人以仁义道德相标榜，以发挥治国平天下的抱负为国家服务，以自我牺牲自诩；一方面，体制上又存在那么多的斡隙，给这些人以那么强烈的引诱。阴与阳的距离越来越远，找出一个大家都同意的折衷办法也越来越困难。

以张居正的精明干练，他没有能解决这个问题。他的十年首辅生涯，仅仅刚把问题看清楚。他的一套改革办法使文官们感受到极大的压力而不能成功，而且招致了死后的被清算。申时行不得不把目标降低。他所说的“使不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”，就表现了他调和这阴阳两极的方针。他无意于鼓励不法，但也不能对操守过于认真。1587年京察之放宽尺度就是这种宗旨的具体说明。在他看来，嫂子已经掉进水里，决不能再像平常一样保持远距离的尊敬，而需要“援之以手”了。

就算是降低了标准，申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进，坚持“四书”中所教导的伦理观念，对1587年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成，所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员，而不惜重新撕破申时行所苦心缝补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。

所以，在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候，他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强迫命令固然失败，申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看做发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书’冲的原则，有的人仅仅视为具文，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人格但于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。

文官之间的冲突，即使起因于抽象的原则，也并不能减轻情绪的激动。一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样会认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题。因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座．接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。

第三个登上皇位的永乐皇帝，如所周知，是用武力夺取了侄子建文皇帝的江山。在起兵的时候，他就大肆制造了洪武皇帝本来要传位于他、建文皇帝只是矫诏嗣位的说法。功成之后，他又大批杀戮了拒绝拥戴他的廷臣和他们的家属。对嘴六代正统皇帝，在和蒙古瓦刺部落作战的时候被对方俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母弟登极，是为景泰皇帝，件使瓦利不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。一个国家不能同时存在两个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。7年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天脱功成之后，拥立是泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。