但是当日的申时行并没有足够的力量影响舆论，此后的影响则更为微弱。皇位的继承问题发生在他担任首辅的时候，所以很多人都感慨在这紧张的几个年头之内偏偏碰上了这样一个软弱无能的人做了文渊阁的首脑。

1591年申时行被迫去职的时候，舆论对他已经丧失了同情。这原因需要追溯到上一年，即1590年。这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常治为太子。于是，以由时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。对皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位。

于是皇帝宣布，他无意于废长立幼，但是他不能接受臣下的要挟。他说，如果一年之内廷臣不再以立储一事打扰他，他可以在15年立常治为太子。如果再有人以此纠缠，立储就要延后。在这一妥协的条件下，各位大学土才回到文渊阁继续办公。

在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常询。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已经使申时行感到窘迫。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历9月，福建企事李馆参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他回复职加官，也是意中之事。

阳历10月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的未批使全体文官为之瞠目咋舌。未批说，他早已声明不难臣下在一年之内催促他立储，这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中所说的那样，把立储延后。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，太君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家？于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。

这一大规模的抗议使龙心赫然震怒。申时行获知皇帝的反应，立即呈上一份揭帖，说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻。被孤立的皇帝亲自在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。事情本来可以在这里结束，因为大学土的揭帖系秘密文书，经过御览以后向例是退回本人而不公布的。但是这一揭帖偏偏为许国所截获，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。申时行立刻向给事中索回原件不准公布，但其内容已经在文官中传遍，而且这种索取已发科抄写的文件也属违背成宪。

这样重大的事件逼得当时值目的绘事中参劾申时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众清立之议，明缀其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴硬之’。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝的神灵也会对他加以珠戮的。