这样一来，案情就变得复杂化了。

继任总统的林登约翰逊借口联邦调查局对此案侦破不力，下令成立一个七人调查委员会，由最高法院院长沃伦任主席来负责调查此案。人们称此为“沃伦委员会”。

1964 年9 月，委员会发表调查报告，认为肯尼迪总统被刺系奥斯华德一人所为，并不牵涉他人。杰克鲁比枪杀奥斯华德是出于义愤，并非杀人灭口。调查报告还认为奥斯华德行刺的唯一动机是“痛恨权威”。

但是，有些社会舆论并不同意“沃伦委员会”的调查报告，认为肯尼迪被刺可能有幕后指使者，并提出以下的疑点：一是根据肯尼迪总统被刺时，警方对迪利广场音响的录音，发现枪响次数至少有四次，其中三次来自教科书仓库，至少有一次来自广场附近的小山丘的方向。这就是说凶手可能有两个，是一个有计划、有组织的阴谋活动；二是夜总会老板杰克鲁比在警卫森严的达拉斯看守所中，能轻而易举地开枪打死凶犯奥斯华德，这用出于义愤的原因是不能说明问题的；三是联邦调查局局长埃德加胡佛为什么在刺杀真相尚未清楚的情况下，就第一个提出“必须让人们相信奥斯华德是唯一的凶手”的断言？四是凶犯杰克鲁比为什么直到1967 年1 月病死狱中也没敢吐露一点有价值的材料？

上述种种疑点，美国官方既未否认，也未加证实。因此，二十多年来，凡是牵涉到有关肯尼迪总统遇刺的内幕材料，美国舆论界从来没有忽略过，对事件的原因有多种猜测。

有一种说法认为，这与肯尼迪政府的古巴政策有关。1960 年4 月17 日至13 日，经肯尼迪总统秘密批准，由美国中央情报局直接训练和指挥的一支雇佣军，约两千人，在美国军舰和飞机的掩护下，在古巴的拉斯维拉斯省的吉隆滩强行登陆，企图以内外策应的方式，一举推翻卡斯特罗领导的古巴政府，实现肯尼迪总统对外政策的第一个惊人之举。但是，在古巴军队的英勇反击下，入侵者成了瓮中之鳖，被打死了114 人，俘虏1189 人。

入侵古巴的失败，并没有使肯尼迪政府接受教训，改弦易辙。相反，他们却更加敌视古巴政府，恨不得置卡斯特罗等古巴领导人于死地而后快。1960 年夏，肯尼迪总统和他的司法部长弟弟罗伯特肯尼迪再次制定了旨在颠覆古巴政权的代号为“獴行动”的计划。其中包括对古巴的情报搜集、宣传、破坏、游击战和暗杀等手段。随后，在中央情报局的直接领导下，由美国收买和训练的情报人员对古巴领导人采取了投毒、暗杀和策反的阴谋活动。但最后都以失败而告终。

虽然，肯尼迪总统对古巴的入侵和颠覆政策失败了，但这一政策本身却遭到包括美国人民在内的世界人民的谴责。这就会成为一些激进分子行刺肯尼迪总统的口实。而凶手奥斯华德自称是“公平对待古巴委员会主席”，又似乎可以作为这种说法的佐证。

另一种说法认为，肯尼迪是因为得罪了美国黑社会的犯罪集团。随着肯尼迪古巴政策的失败，美国上下对肯尼迪政府产生了一种怀疑和不信任的情绪。这就刺激年轻的肯尼迪总统和他的助手们要创造更大的惊人之举。这就是总统弟弟、司法部长罗伯特肯尼迪上任以后所发动的美国有史以来空前广泛、猛烈地打击犯罪集团的运动。正如一位观察家所说：“在肯尼迪以前。

历任司法部长都只是口头上向犯罪集团宣战。罗伯特肯尼迪是第一位付诸行动者。”

空前广泛、猛烈地打击犯罪集团的运动到1961 年底已初见成效，同时也引起了犯罪分子的恐慌，增强了他们对肯尼迪兄弟的仇恨。特别使犯罪分子恼火的是，当初肯尼迪参加竞选时，他的竟选班子曾私下接受某些黑社会组织的“捐赠”。在肯尼迪对古巴的“獴行动”中，黑社会的某些成员也出过力。可是肯尼迪兄弟并不对他们感恩戴德，反而恩将仇报，出卖了他们。因此，一些犯罪分子发誓要“搬掉这块绊脚石”。

也有一种说法认为是肯尼迪的冤家对头、亿万富翁汉特所为。汉特是世界上最富有的人之一，他既是美国最大的石油商，也经营其它多种行业，是极右势力的代表人物，他喜欢插手政治，但又是一个蒙昧无知的家伙。在得克萨斯，尤其在达拉斯，没有人敢于违抗汉特的旨意，他不仅控制着市政委员会，也控制着警察。