朝鲜战争失败后，中大兄太子从九州回到飞鸟。这时国内对他的不满和责难更多了。处境艰难的中大兄太子为了摆脱内外交困的局面，一面派遣使者去大唐和朝鲜讲和，一面向国内的保守势力妥协，允许他们继续保持一些特权。同时，进一步把他的弟弟大海人皇子——也就是未来的天武天皇推上政治舞台，让他担任代理左大臣，实际上成为朝廷首席大臣。直到667 年，中大兄太子才迁都到近江，并且在近江的大津宫正式登上天皇的宝座，这就是在日本古代史上占有重要地位的第38 代天皇——天智天皇。同时，大海人皇子被立为东宫，也就是皇位继承人。

大海人皇子在青年时代，就积极地参与了大化改新的运动，历经了内政外交频繁变革的考验，并且以他的非凡才能，深得中大兄太子和中臣镰足的器重，在改新派中享有较高的声望。由他来继承天智天皇的改新事业，自然是最为合适的人选。可是晚年的天智天皇，却又有了新的想法，因为他的儿子大友皇子，不但仪表出众，而且渐渐显示出了过人的才华，博学多闻，思想敏捷。天智天皇很想把皇位传给自己的儿子。这样，他与大海人皇子之间的矛盾也就尖锐起来。

668 年的一天，天智天皇在琵琶湖畔的高殿大宴群臣，正在君臣欢饮之际，大海人皇子借着酒意，突然操起长枪，刺穿了大厅里的地板，吓得群臣都不敢作声。天智天皇大怒，一定要把大海人皇子斩首不可。亏得中臣镰足再三求情，大海人皇子才得到赦免。由于中臣镰足的调解，天智天皇与大海人皇子二人还能以大局为重，互相克制，表面上不再发生冲突。

669 年秋天，中臣镰足病逝，天智天皇十分悲痛，在举行葬仪时，他身穿白衣久久站在宫门口，望着送葬的队伍痛哭不止。中臣镰足的遗骨葬在京都，天智天皇的陵墓后来也建在京都，表示两人死后也不分离。

失去中臣镰足的从中协调，天智天皇与大海人皇子间的矛盾逐渐公开化了。671 年5 月，天智天皇正式任命大友皇子为太政大臣，苏我赤兄为左大臣，中臣金连为右大臣，苏我果安等3 人为御史大夫。这样，上有天皇为最高首脑，下有太政大臣辅佐政务，实际上把大海人皇子架空了。这样的人事安排，已明确表示出天皇要重新考虑皇位继承的问题了。

这年8 月，天智天皇开始生病，病情很快恶化。10 月17 日，天皇召大海人皇子到病床前，对他说：“我已经不行了，把皇位让给你。”

大海人皇子忙说：“不，请把皇位让给皇后，把国政托付给大友皇子。

我为了报答你的恩情，将出家修行。”实际上大海人皇子早就看出了天智天皇的话是对他的一种试探。他曾亲眼目睹天智天皇怎样除掉古人大兄皇子、苏我仓山、有间皇子等政敌，深知天智天皇在皇位问题上是心狠手辣的，而且又觉察到大友皇子和苏我赤兄已经在进行阴谋活动，所以才这样说。天智天皇这才放心，当即准许大海人皇子出家。大海人皇子就在皇宫内剃去头发，交出武器，披上了天皇送他的袈裟，带着几个随身的仆人，连夜离开大津宫，前往吉野山中“修道”。当时有人提醒天智天皇不能放虎归山，但已为时过晚。

事情的发展果然不出大海人皇子所料，几天以后，大友皇子便同苏我赤兄等人“泣血盟誓”，共同谋划夺取皇位。天智天皇弥留之际，苏我赤兄等人拥到天皇的病床前，逼迫天皇认可大友皇子为皇位的继承人。12 月3 日，天智天皇逝世，仅过了3 天，还在服丧期间的大友皇子就迫不及待地登上了天皇宝座，成为第39 代天皇弘文天皇。