这时，中大兄皇子本可以继承母亲的皇位，但是中臣镰足劝他说：“古人大兄皇子年纪比你大，轻皇子又是你的舅父，你现在就继位，恐怕会被人找到攻击的借口，不如让轻皇子即位，更显得你的政变行动不是为了个人的权位，而是为了国家的存亡。”

中大兄皇子接受了他的意见，由轻皇子继位，成为第36 代天皇孝德天皇。这不仅表现了中大兄皇子成就大业的政治家气魄，而且也表现了中臣镰足高人一筹的策略水平。孝德天皇立中大兄皇子为太子，任命阿倍内麻吕为左大臣，苏我仓山为右大臣，中臣镰足为内大臣，并且仿效中国建立了日本历史上第一个年号“大化”。

所以，此后进行的一系列改革被统称为“大化改新”。

“大化改新”是日本社会发展进步的需要，也是先进的中国唐代文化传入日本后的结果。大化政府的各项政策、措施的制定和贯彻，都凝聚着中臣镰足的心血。

一场社会制度的变革，必然会遇到旧势力的抵制和反抗。在这场斗争中，中大兄太子平息了古人大兄皇子的叛乱，他逐步巩固了自己的摄政地位。

与此同时，中大兄太子与孝德天皇的之间的矛盾也逐渐加深了。651 年，孝德天皇改年号为白雉，第二年又从政治中心大和飞鸟移居大阪的难波宫，似乎都是为了摆脱中大兄太子的阴影。中大兄太子为了便于自己掌权，特别是控制残余的守旧势力，防止他们乘机闹事，所以要求孝德天皇迁都回大和飞鸟。孝德大皇不肯接受。653 年，中大兄太子毅然率领皇室贵族和朝廷大臣离开难波宫返回飞鸟河边宫。孝德天皇独自留在难波宫，成了名副其实的“孤家寡人”，第二年就在郁郁不乐中死去。

这时，改革派的核心人物，只剩下中大兄太子和中臣镰足两人了。

孝德天皇死后，中大兄太子再一次将皇位让给他的母亲、退位的皇极天皇，使其成为第37 代天皇齐明天皇。他自己仍以皇太子的身份执掌朝政。齐明年间，朝廷大兴土木，修筑宫殿，给人民带来沉重的负担，引起人民的强烈不满。这时孝德天皇的儿子有间皇子已经长大成人，成为中大兄太子继承皇位有力竞争者。中大兄太子一心想找机会除去这个竞争对手。658 年11 月，齐明天皇和中大兄太子母子俩去纪伊牟娄温泉疗养，由苏我仓山的弟弟苏我赤兄担任飞鸟留守官。苏我赤兄去找有间皇子，列举天皇在处理国家政事上的种种失策和错误，劝诱有间皇子带头起兵谋夺皇位。有间皇子动心了，欣然答应出兵。但是苏我赤兄暗中却又向中大兄太子告密，并且摇身一变，派兵去逮捕了有间皇子。中大兄太子对此非常重视，亲自审讯有间皇子，质问他为什么要造反。有间皇子回答：“这只有天和苏我赤兄知道，我是一点也不知道！”中大兄太子却不再追究苏我赤兄的问题，下令将有间皇子绞死，消除了执政道路上的最后一个障碍。因为苏我赤兄在这件事上“有功”，尽管他在政治上倾向于保守派，仍然得到了中大兄太子的信任。有的人甚至怀疑苏我赤兄是受中大兄太子的指使，故意去诱骗有间皇子谋反的。

为了转移人民的不满情绪，中大兄太子举行了两次引人注目的对外战争，一次是征伐北方的少数民族，取得了成功，收服了北方的一部分土地。

另一次是对朝鲜半岛的侵略。当时中国的唐王朝派兵援助朝鲜，打败了日本的侵略，致使齐明天皇在军中病死。