婚后13个月（1607年6月25日）培根终于得到了法部次官的位置。在此后两三年的期间他是忙于调整英国的教派之争。当时主要的教派为国家教会派与清教派，辩争甚烈。培根的主张是双方和国王都应当保持一种宽容的态度，但是他的努力终归无效。培根对宗教纷争的意见，可于他的“论宗教一统”一文中见之。简单说，他认为宗教既是维系人群的，那末就应当自身亦保持一种谐和一致的情形。教派的纷争乃是使人厌弃教会，不信宗教的一大原因。后来在他的“论无神论”和“论迷信”二文中，他都曾论及教派的分裂。对于这种事情的原因、结果和害处，都有极精辟允当的议论。

当时英国政治上也有一个大的争论，就是所谓“王权天赋”之争。这场争论（实际是“君权”“民权”消长之争）起于詹姆斯一世之朝，终致酿成内战，下一代的君主，查理第一，且因而被杀。培根起初的主张是一种“中和主义”，他认为“君权”“民权”之间应该有一种“中道”，一种妥协的办法。但是这一场争辩引起的枝节太多，结果使培根不知不觉地修改了他的主张，由一个抱宽容的“自由主义”的人变为一个比较温和的王权拥护者。他后来的主张可于“论王权”一文的结语中见之。

虽然有这么多的事务分心，培根却始终不曾怠于文事。只要不在议院或法院的时候差不多每一分钟都花在写作上面。1609年他的《古人智慧》（The Wisdom of the Ancients）出版。在这本书里他以解释譬^[pì]喻的说法说明了古代的寓言和神话。在同时他的《论说文集》亦再版了两次：一次在1607年，一次在1612年。1612版叫做修正版，里面的文章有好几篇都曾经重写。此外还添了不少的新作，总数共为38篇。

培根的表弟罗伯塞西，新近受封为萨斯白雷伯爵（Robert Cecil，the Earl of Salisbury）的，突于1612年逝世。在培根的《论说文集》（1612版）中有一篇“论残疾”的据说是对他的亲戚的人格最生动的素描。萨斯白雷死后培根向国王要求继其官职，但是国王不允。后来他又要求另一官职亦未如愿。可是到了1613年，他那想望多年的法部长官或检察长之职终于到手了。培根可说是一个热中而饱尝仕途之苦的人。在他的“论高位”一文中充分地表现了这种浮沉宦海之酸辛，尤其以下面的这几句话为然：

“跻升高位是很费力的。人们常常吃了痛苦以取得更大的痛苦，这种事情有时简直是卑污的。人们又常由屈辱之途达到尊荣……”

先是培根亦曾被任命为一个新设的法院的院长。这个法院名曰“边缘”（The Verge），他的职务是直接办理伦敦王宫区周围12英里以内的犯罪行为。培根就职时的训词，痛斥“决斗”之俗，指为流行全国之罪恶。他当了检察长以后更雷厉风行地要根绝这种习气。他建议的办法是任何犯这种案子的人——无论是挑战的或接受挑战的或作为“助手”的——都应当永远贬之朝外。

1614年“混蛋议会”解散，从此培根的政治势力亦就消失了。他的主张本来是君主与国会之间应当休戚与共，互表同情的。但是这次议会的解散和下届议会的迟迟召集使这种希望无法实现。“论叛乱”一文所讨论的各问题中就有这个问题。

这时詹姆斯一世的宠臣是桑末塞伯爵（The Earl of Somerset），名唤罗伯姓卡尔（Robert Carr）的。他那时可说是权倾内外，声势烜赫。但是培根早就看出他的复亡之兆了。所以与之断绝来往，转而与乔治威里埃（George Villiers），后来封为巴金汉公爵的，结交。不久桑末塞和他的夫人因谋杀奥勿伯雷爵士（Sir Thomas Overbury）而判罪，且从此失势，一蹶不振。而威里埃则扶摇直上，其得宠与专权之甚更驾桑末塞而上之。培根对于威里埃的早期的升擢是出过大力的。有人推测他在“论野心”一文中所说关于“宠臣”的话是指詹姆斯一世的好蓄宠臣的。但是他为了取媚国王，竟不惜拿这样的话替他文过饰非：

“有些人认为君王者若有宠幸乃是一种缺点；然而宠幸之臣乃是对有野心的大臣贵族的最好的防御。”