在这个期间内培根也曾得到两度小小的升擢。他被委为女王的特别法律顾问（Queen’s Counsel Extraordinary）之一，又获得了御前会议（The Star Chamber）登记员的候补权。这个候补权是他的亲戚，塞西父子，厌倦他不时的请托而替他谋得的。但是这个职位要等原来在职的官员死了以后才能填补。培根等了多年，这事才得实现。在候补死人的缺的期间内，培根受了许多的辱蔑，就如同后来英国的另一文豪司各脱（Sir Walter Scott）一样。司氏等了多年，才补上了一个法庭书记官的位置。鉴于培根的父亲的名望，有人曾对他的多年不见重用表示惊异，认为虽然塞西父子对他冷淡，而女王伊利萨白竟对尼古拉培根的儿子不理不睬，殊不可解。不知培根在当国会议员的期间，曾因拥护民权，攻击朝廷强迫下院与上院直接会商筹款问题之企图，并且曾反对过增加国用的要求。类此的行为在当日是需要极其卑躬屈节的道歉才能使君王息怒的。培根似乎没有这样做过。同时塞西父子又从中媒蘖其短，证实了培根的“目无朝廷”。结果女王的不悦之感竟被煽动成了不息之怒，培根请求重用的企图遂被漠然搁置或婉辞拒绝。

于是培根决意不再向他的亲戚请求帮忙，而转附艾塞克斯伯爵（Earl of Essex）之党。伯爵年少贵显，意气飞扬，初时极得女王宠信，后以勇而无谋，行同叛逆而被诛。当培根转附门下之日，正是伯爵官星高照之时，其声势之烜赫，不下于伯莱爵士。艾塞克斯对培根发生了诚挚、热情的友谊，屡次为他亲向女王请求要职。曾先后替他固请法部长官（或检察长Attorney-Generalship），次官（或辩护长，审判长Solicitor-Generalship），以及案卷司长（Master of the Rolls）之职，干请频繁，致使女王厌倦，请他“谈别的问题”。

如此屡请不遂之后伯爵竟以自己在退肯南（Twickenham）之府邸田产值二千镑者，赠于培根。此时二人交情甚密，对于伯爵的各种交际游乐，培根亦常常参与，并且写过一本宫剧剧本乐会（The Conference of Pleasure）作为宴乐之一助。 培根对于这一种文艺表现出特殊的才能。后来曾为葛莱公会写过两本戏，一名《学问之宫》（The Palace of Learning），一名《葛莱历史》（Gesta Grayorum），都可见此言不诬。在1625年出版的论说文集中有一篇“论宫剧与盛会”（Of Masques and Triumphs）的文章更足证他对这种娱乐的艺术，有多么深的研究。

1599年艾塞克斯讨爱尔兰泰隆（Tyrone）之乱无功，单骑还朝，大受朝中政敌的攻击。结果失权失宠，且受短期之拘禁。虽次年即蒙释放，准其乡居，可是艾塞克斯心中怏怏，总以为可以恢复昔日的宠信，谁知又因某项专卖权请求展期之事，受了女王的挫辱。于是气愤难平，竟图外结苏格兰、爱尔兰，内连失意的教派，如天主教、清教徒等。不久他便带了少许的武装侍从直扑伦敦，以清君侧为名，实行叛逆。他的企图完全失败，他被执下狱，1601年2月19日受审，25日斩决。在他两次受审的时候，培根都是奉王命陪审的。

末次审判的时候，他似乎还很替皇家出力，并且在艾塞克斯处极刑以后他又奉命起草伯爵的罪状。

从征爱之役起到起草罪状之事止，这其间培根和艾塞克斯的关系以及培根个人行事的动机都是很微妙复杂，难以遽下论断的。伯爵死后不久，在詹姆斯一世（JamesＩ）临朝的初年，培根曾经发表过一篇“自白”，解释他在艾案中的行为，但是这也不完全可靠，其中的话语令人不满之处也不少。不过，简单言之，下面的这几项，可说是相当明显的：

1．培根是忠于女王的。