然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。

老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”。

带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。

申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。

自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。

皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，渴祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，利部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。

在这几十里的道途上，一些地方官、青老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。

这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，延臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩清御驾谨慎小心；利部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游想已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书净谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。