这巴斯德跃马横刀闯入微生物领域，便势如破竹，加入无人之境(本来，以前也没有几个人涉猎这里)。他先帮助葡萄产地的农民解决了防止酒变酸的难题。说来简单，只要把酒加热到摄氏五十五度，就可以将细菌杀死，这就是后来被普遍采用的"巴氏消毒法"。他发现了寄生在蚕身上的微生物，挽救了法国全国的养蚕业；他发现了羊炭疽杆菌，并治好了羊炭疽病，挽回了2000万法郎的损失。他由此又推出：人身上的传染病，也是出这些看不见的杀人犯传播的。这可是一个大胆的结论，这就不是化学，也不是微生物学的事了，巴斯德已经扬鞭催马踏入了医学的领地。当时欧洲对突然间流行全国的瘟疫束手无策。在俄国的一些乡村里，深更半夜男人们起来把四个寡妇绑在犁上，赶着她们绕村犁上一圈，认为这样就可以抵挡瘟疫，而苦主们也只知降温、放血，或吃点不顶用的药丸。现在巴斯德突然闯了进来说：“这些统统都是骗人！”于是整个医学界就像一个被捅了的马蜂窝。

巴斯德是一个性格豪爽，拚命向前，苦干务实，想到就要说要做的人，况且他也不大会装出一种谦虚去争取同情。他手头有了许多实验事实之后，就到处作学术报告，作科普宣传，而且态度直率，语言尖刻。在一次学术会上他说：“我真够聪明的，我居然能发现这一切，而你们真傻，竟到现在还不肯相信。”一次在巴黎举行科普讲座，会场里本来灯火通明，他突然将灯全部熄灭，然后打出一束光划破黑暗，只见这光中许多细小的微粒上下翻动。他指看这些微粒说：“你们看见了吗？斑疹伤寒、霍乱、黄热病……，一切传染病菌就都在这些小微粒上面。你们不要小看这些小东西，它能量之大决不亚于狂风暴雨。比如一种破坏酒精的微生物，几天之内能使比自己重一百万倍的酒精变成醋，好比一个二百磅体重的人，几天之内就可以劈掉二百万磅木材，谁能有这么大的力气？如果这种病菌钻入人体，不难想像，欧洲几天之内就会尸横遍野……。”巴斯德这些话使听众们不寒而栗。包括那个大小说家大仲马，那天他也在场，无论他曾构思过多么惊险的小说也不如巴斯德这几句话叫大家张目结舌。

好像别人都是聋子，都是瞎子，巴斯德大声向人们讲着他听到的，看到的一切。而大家都觉得他实在是个疯子，因为他们每一个人都既没有听到什么，也没有看到什么。因此，他们对这个疯子搅得他们志忑不安简直不能容忍。他们开始在自己远占绝对优势的阵地上－学术会议、各种刊物、报纸上指名道姓地攻击巴斯德了。但他毫不退让。

这天，巴黎医学会又举行一次医学报告会，讨论当时死亡率达百分之九十的产褥热，还有外科手术感染问题。一个叫圭茵的顽固老头正在夸夸其谈这种病的病因。突然前排站起一个人说：“完全是胡说八道。这些病首先得由你们医生、护士负责，是你们的手，医院里的床，还有手术刀，绷带将那些致病微生物传给一个病人，又传给一个病人，你们还全然不知。医院成了殡仪馆的前厅，手术台抬成了杀人台，你们却死抱住旧习惯不放，还在每天杀人。我昨天刚收到一封信，是苏格兰医生李斯特先生的，他在手术前将双手、刀具、纱布，甚至刀口周围都用硼酸彻底消毒，结果病人死亡率从百分之九十一下就降到百分之十五。”此人正是巴斯德。

这时下面有人摇头，有人很注意地听，而圭茵早就不耐烦了，他打断巴斯德的话说：“你总是这样像巫婆念咒似地叨叨，可是你说的可怕的微生物到底在哪里？它怎么能有这么大的本事？怎么能无孔不入地传播？你能给我看一看吗，它到底是什么样子？”