崇祯二年(1629年)，农民军王左挂、苗美率兵进攻韩城。陕西总督杨鹤手中无将，情急之下，令当时还是参政的洪承畴领兵出战。洪承畴斩杀敌兵三百人，解了韩城之围，顿时名声大噪。

崇祯三年(1630年)六月，洪承畴被任为延绥巡抚。作为杨鹤手下干将，本该支持上司的“招抚政策”，可是洪承畴没有，他反而大力剿匪。而且不仅剿匪，且并“杀降”！当时被其杀掉的投降“贼军”多达数万。

崇祯四年(1633年)，三边总督杨鹤为此被罢官入狱，洪承畴继任陕西三边总督。洪承畴改杨鹤的“边剿边抚（诱降）”为“全力清剿”、“以剿坚抚，先剿后抚”方针，集中兵力进攻陕西农民军。崇祯五年(1632年)春天，一股农民军由于顶不住官军的压力，向庆阳突围。洪承畴亲赴庆阳，指挥会战。双方在西澳激战数十次，农民军损失惨重，首领杜三、杨老柴被斩杀。此战一扫多年官军之颓气，被说朝廷称为“西澳大捷”。

各部义军先后东进，崇祯四年(1631年)至六年(1633年)，活动中心移至山西。作战亦由极度分散，各自为战发展为相对集中，互相呼应。高迎祥、张献忠、李自成、罗汝才等部20余万人，号称36营，一度破大宁、隰州、泽州、寿阳等城。

崇祯六年(1633年)冬，高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等24营10余万人突破官军包围，经渑池县突破黄河防线，转进至明军力量薄弱的豫西楚北，以郧阳为中心，分部来往穿插于豫楚川陕之间，利用官军分兵守境，互不协同的弱点，进行游击性质的流动作战。明军不得不分兵把守要隘，穷于追剿，陷入战线过长，兵力分散的困境。洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，被迫转入西部山区。

明廷为改变“事权不一、相互观望”被动局面，改用“集中兵力，全面围剿”方针。崇祯七年（1634），以陈奇瑜为五省总督，统一指挥陕晋豫川及湖广官军，由四面分进合击，企图一举尽歼各部义军。义军相继转进汉中，围剿落空。

明崇祯七年（1634年）十二月，明思宗朱由检撤陈奇瑜，洪承畴仍任陕西三边总督，以功加太子太保、兵部尚书衔，总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省军务，成为明廷镇压农民起义的主要军事统帅。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，当时农民军聚集在陕西的有20余万人，其中以闯王高迎祥，及其部属李自成的力量最为强大。洪承畴命总兵贺人龙、左光先出兵夹击，义军突围东走，转进灵宝、汜水（均在河南）。

崇祯八年（1635年）一月，洪承畴率主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对起义军实行大规模的军事围剿。

义军于崇祯八年初，分三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳，焚毁皇陵。洪承畴军三月间至河南时，义军已大部又集中于陕西。洪承畴匆匆回军关内。李自成在宁州、真宁两歼官军，破咸阳，逼西安。高迎祥、张献忠等乘官军被牵制于陕之机，三度进入河南。

明廷认识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，又改用分区负责，重点进攻的方针。崇祯八年（1635）八月，以卢象升为五省总督，专治中原；洪承畴专治西北，各自负责，相互协同。当年冬及九年春，高迎祥、张献忠在河南连续失败，兵力损失过半，残部再返陕西。此时，李自成在兴平等地亦多次失利。