大约在清晨五点半，苏哈托从邻居的动静中发现了异常的情况，便亲自驾车开往靠近总统府的战略后备部队司令部。过了一会儿，他从广播中听到了关于“九三○运动”的消息。接着，他接到纳苏蒂安从伊拉克大使馆打来的电话，叫他大胆地放手去干。

苏哈托无疑是右派将领中的一员。放下电话后，他立即命令西利旺义师的坦克和装甲部队向雅加达挺进。一开始，这支军队的负责人阿吉将军表示，只有在得到苏加诺总统的命令之后他才能这样做。苏哈托告诉他，没有这个必要，所有在“九三○运动”中被捕的将军们都已被杀害了。这样一来，阿吉将军便改变了立场，调动他的部队开始行动了。

苏哈托接着又召见了由沙禾埃迪领导的伞兵突击队，把事情的经过以及他的意图向他们说明。沙禾埃迪表示愿意听从他的指挥，由于得到坦克部队和伞兵的支持，苏哈托便处于绝对的优势。

下午三点，他警告来自东爪哇和中爪哇两个营的代理指挥官，如果他们在半小时内不投降，就要消灭他们。这两支小部队经不住威胁，终于投降了。

下午五点，装甲部队和伞兵部队开进雅加达，迅速占领了国家广播电台和电报大楼。

但是，空军司令达尼在这之前发布了一则训令，表示支持“九三○运动”，并宣布他的目的是保卫革命，保卫苏加诺，反对美国中央情报局的颠覆活动。苏哈托决心清除达尼的大本营哈利姆空军基地。

10 月2 日凌晨三点左右，沙禾埃迪上校命令他的伞兵部队、坦克和装甲车在空军基地附近进入阵地。一场激战眼看就要爆发。这时，住在茂物养病的苏加诺总统得知形势险恶，便下了一道命令：必须避免流血冲突！这样一来，被围困的空军部队就逐渐瓦解。

10 月4 日，陆军从鳄鱼洞的那口井中发现了被杀害的将军们的尸体。于是，他们开始大造舆论，指责“九三○运动”是共产党一手策划的，认为“印度尼西亚共产党人要为这一谋杀事件承担责任”。死里逃生的纳苏蒂安将军则咬牙切齿地发誓：“应该立即把他们消灭光！”

10 月5 日，陆军为这些被杀的将领们举行了隆重的葬礼。葬礼后第二天，穆斯林学生便袭击和焚烧了印度尼西亚共产党总部。然后又冲进艾地和其他印度尼西亚共产党领导人的住所，这些领导人事先得到消息，都各自躲藏起来。游行示威的人经过美国大使馆时高呼“美国万岁”的口号。

沙禾埃迪领导的军队在中爪哇和东爪哇进行了前所未有的大屠杀。他们将所有拥护苏加诺的共产党人和军官、士兵都抓起来，用机枪扫射。并利用各地区的宗教矛盾，打击在共产党领导下分到土地的农民。在中爪哇，数以千计的尸体被抛到河流中，再漂入大海。当海潮又把尸体冲到岸边时，这些腐烂发臭的尸体堆积得像一道海堤。据印度尼西亚官方和美国大使馆估计，约有50 万人在大屠杀中丧生。

印度尼西亚共产党总书记艾地在事变发生后，曾指示党的各级组织：千万不要举行拥护“九三○运动”的示威游行，声明那些都是陆军内部事务，与印度尼西亚共产党毫无关系，并表示完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。

由于白色恐怖加剧，艾地被迫离开雅加达，转入地下活动。他在印度尼西亚共产党势力最大的梭罗和三宝垄之间躲藏了六个星期。这里有一支受过训练并武装起来的工人队伍，可以保证他的安全。但他没有想到，在他的贴身警卫中有一个陆军谍报处的特务。这个人一直在寻找机会杀掉艾地。