7 月21 日，宋教仁被选为同盟会总务部主任干事，实际负责全党事务。为了联合一切可能联合的力量，宋教仁主持了同盟会的大规模改组，然后联合统一共和党、国民公党、国民共进会、共和实进会等党派，合并为“中国国民党”。孙中山、黄兴、宋教仁等9 人当选为国民党理事，理事们公推孙中山为理事长，孙中山又推荐宋教仁为代理理事长，实际主持国民党的全面工作。

1912 年11 月，在国会参议员和众议员的选举中，国民党大获全胜。按照政党内阁原则，应由国民党出来组织内阁。一时间，宋教仁成为全国瞩目的人物，舆论普遍认为，宋教仁是国民党中最具有政治见解和经验的领袖之一，是最有希望组织内阁担任总理的人选。当时的总统袁世凯和总理赵秉钧，深深地感觉到了宋教仁的威胁，在他们控制的报纸上，对宋教仁横加责难，谩骂攻击。宋教仁当即给予还击。

双方的对立局面日益明朗。

按照原订计划，新当选的国会议员定于1913 年4 月8 日在北京举行第一届国会。袁世凯几次打电报给宋教仁，邀请他到北京共商国家大计，筹备国会开幕工作。也就在这时，上海传出流言，说有人要谋害宋教仁。许多人都劝宋教仁暂时不要去北京。宋教仁听后坦然地一笑，摇摇头说：“不会的，光天化日之下，怎么能容许这样卑劣的手段呢！况且，我们的事业刚刚开始，即使有危险，我又怎么能轻易放弃自己的责任？我宋教仁不怕死，用死是吓不倒我的！”

宋教仁毅然决定，3 月20 日晚乘沪宁快车去南京，然后转津浦铁路北上。

可是，他还没有登上火车，就已经中了罪恶的子弹。

全国一片震惊！

召开国会、宪政也就面临着重大的危机。

宋教仁被送到医院，已是半夜12 点，直到第二天凌晨，才由德国医生取出了宋教仁身上的子弹，子弹是从后背射入体内的，伤口离心脏很近，使宋教仁疼痛难忍。他预感到自己的生命已到了最后关头，强忍伤痛口授了遗言，又请黄兴代拟电报连夜发给袁世凯。手术之后，宋教仁的情况依然没有好转，不断呕吐，大小便中出血严重。医生被迫进行第二次手术。21 日下午，宋教仁再次被送进手术室，为防止意外，于右任亲自在手术室内监视手术进行。

一群新闻记者始终坚守在门外，直到手术完成。可是，做手术的医生很悲观，只说：“我们已经做了一切努力，其余的..要看上帝的安排了。”

3 月22 日凌晨3 时左右，宋教仁伤势转重，到4 时48 分终于逝世。这一年，他才32 岁。

黄兴、于右任、陈其美等人悲痛地告别了自己的战友。陈其美一边哭一边用拳头捶打床沿喊叫：“此事决不甘心！决不甘心！此仇不报，我誓不为人！”

就在抢救宋教仁的同时，国民党内已多次开会，商讨捉拿凶手的问题。