这时连凯撤原先的政敌西塞罗也认为不能再这样僵持下去了，他亲自出面企图说服庞培一伙人，劝他们向凯撒让步，不可把他逼得太紧。尤奈庞培等人气焰正盛，根本听不进西塞罗的话。

凯撒见自己的忍让换来的是对方的得寸进尺，步步紧逼，他已经忍无可忍了。公元前49年l 月11日，凯撒率领手下仅有的5000步兵及3000骑兵，向意大利与高卢交界的卢比康河进发。他命令部队轻装疾行，趁着朦胧的月色连夜行军，在黎明前，以迅雷不及掩耳之势轻易地占领了意大利北部重镇——亚平宁城。

接着，凯撒大军浩浩荡荡地向南进发，不久就抵达卢比康河畔。这里没有桥，他们当即伐木造桥。傍晚时分就全部渡过了卢比康河。

当时庞培手下有一位叫拉比纳司的著名将领，此人足智多谋，而且骁勇善战。他与凯撒交情甚厚，一向钦佩凯撒的雄才大略，而对庞培的结党营私十分不满。

凯撒在离开罗马前往高卢之前就早已布下周密的情报网。他虽然身在国外，对罗马的动向却了如指掌。他暗中派人携带密函给拉比纳司，用感情和道理打动他，终于把他争取了过来。

这时，凯撒的另一位好友安东尼也已逃离罗马，投奔到凯撒身边。安东尼也是一位出色的战将，有了这两人的协助，凯撒大军一路势如破竹，连着攻占了好几座城池。

罗马城内已是一片混乱，与凯撒作对的贵族们纷纷出逃。庞培虽然拥有数倍于凯撒的乓力，但他失去了最得力的干将拉比纳司。而且，拉比纳司带走了许多军事机密，这对庞培来说，无异于失去了数万大军。他知道凯撒深得民心和军心，自己根本不是他的对手，罗马肯定是守不住的，他决定带领部队离开罗马，到南方去寻找落脚的据点。

凯撒大军开进了罗马，城里一片宁静，没有丝毫骚乱迹象。老百姓知道凯撤此来是向庞培和元老院兴师问罪，不会影响他们的生活，这使凯撒非常欣慰。他清点国库，并贴出安民告示。庞培的党羽都跟着他逃亡去了，留下来的官员，凯撒让他们恢复原职。

庞培逃到布隆迪休姆，准备固守，与凯撒对峙。他在西班牙还有重兵，不时地从海上运来给养和军械。凯撒决定来个釜底抽薪。当年6 月，他亲自率领大军进攻西班牙，击败了庞培在那里的驻军。两员主将都不敢与凯撒为敌，缴械投降了。凯撒收编了这支军队，然后凯旋而归。

公元前49 年12 月，罗马议会一致推举凯撒为“狄克推多”（意即一人执政），将政权全部交给他。相当于从前苏拉的地位。凯撒拒绝了。他一向平易近人，广为交游，不习惯那种高高在上俨如帝王的生活。他提名赛维莱斯和依萨利库斯与他共同执政，以保持罗马的传统政治精神。这也是他第二次担任执政官。

远在南方的庞培，仍是凯撤的心头大患，不消灭庞培，国家便不能统一，战争的威胁也不能消除。公元前48 年9 月，凯撒将罗马的政事交给两位执政官负责，自己亲率大军去讨伐庞培。

庞培闻讯后，自知不是对手，放弃了盘踞布隆迪休姆的计划，率军乘战舰渡过爱琴海，经希腊奔小亚细亚去了。

凯撒虽然不费一兵一卒就占领了布隆迪休姆，却没有真正打击庞培的有生力量，心里很是不甘，决心继续迫下去。他命令在布隆迪休姆征集大小船只，率领先头部队渡海作战，一举攻占了奥利康和阿玻罗两个重要据点，并俘获了许多船只和物资。他把这些船只派回布隆迪休姆，把主力部队运送过来。

庞培此时也没有退路了，双方摆开阵势，准备决战。当时庞培拥有步兵3．6 万、弓箭兵3000 、投石兵1200 、骑兵7000 以及300 艘战舰。凯撒方面有步兵3．4 万、骑兵1400 、百余艘船只。他的实力远不如庞培。更何况他千里远征，背海作战，休息和给养部跟不上，第一次战斗大为失利，不得不撤退到法尔萨洛斯平原，攻占了那里的两座城市，暂行休息，以备再战。

庞培犯了一个战略错误：他认为凯撤这样一来必败无疑，所以没有立刻乘胜追击。等他意识到这一点重新发起追击时，凯撒的部队已经得到充分的休息和给养，完全恢复了元气。