当时，起义的重要领导人之一希普勒，因出身于贵簇，便主张争取贵族和市民的力量，对农民利益重视不够，加之他又任命了骑士贝利辛根为指挥，更引起农民不满，结果，一部分起义军分裂出去。

再说镇压农民起义军的特鲁赫泽斯，在击败士瓦本的农民军后，便于1525 年4 月调兵北上，去镇压弗兰科尼亚的农民起义。他仍旧采用进行欺骗性谈判与各个击破的故伎，打败了几支农民起义军。1525 年5 月，特鲁赫泽斯的大部队，以骑兵为先导，兼程向海尔布隆逼进，而后，在离海尔布隆不远的树林中隐蔽、休息。

特鲁赫泽斯严密封锁了通往海尔布隆的各条路，不让走漏消息。同时，又派了七八个亲信，假装成农民军士兵，大摇大摆地向海尔布隆走去，一路上只说“农民军取得了胜利，把特鲁赫泽斯打跑了”。这七八个人进入海尔布隆城后也这么说，弄得海尔布隆城内的农民军失去了警惕。

这一天，海尔布隆城内的起义军正在召开会议，会上起义军的首领们在讨论由希普勒起草的《海尔布隆纲领》，大家议仑纷纷，七嘴八舌，争执不休。有的说：“为什么要建立强有力的中央政权？不要中央政权也没有关系！”

有的说：“废除国内关税，和我们农民没有关系，反正我们也不去贩卖货物。”

有的说：“统一货币和度量衡的内容不错。”有的说：“不能笼统地讲保证骑士从被没收的教产中分得土地，而只应当是给参加了起义的骑士分土地。”

分歧最大的是关于农民可以用常年租税二十倍的赎金摆脱封建义务的提法，许多代表认为这条一般农民做不到。吵来吵去，几个农民代表把桌子一拍，就往会场外面走。

希普勒忙笑着拦住，劝说道：“这个《纲领》提出来，是请大家商量、讨论，何必如此激动呢？”这样，那几个要离开会场的代表又坐下来，但他们心里老大的不舒服。讨论会一直开到天黑，吃过晚餐又继续开。

海尔布隆城内的起义军首领们还在为《纲领》而争执不休，特鲁赫泽斯的部队已趁夜色宜逼城下。特鲁赫泽斯派进城内的人和一些对起义军不满的市民打开城门，特鲁赫泽斯的骑兵一拥而入，步兵随后冲进。骑兵直扑农民军领袖们的会议厅，步兵分头围剿农民军。

农民军首领来不及去组织调动自己的部队，只能匆匆向北逃去，农民军也乱纷纷地向北逃跑。他们逃到维尔茨堡，希普勒把队伍重新集合起来，约有二万多人，但内部分裂，无法统一指挥。

起义军的指挥贝利辛根，见起义军难以成事，便秘密派亲信去与特鲁赫泽斯联系，表示自己要投奔他。特鲁赫泽斯打发来人回去，答应给贝利辛根许多好处，叫他先稳住起义军，到时候里应外合，一起消灭起义军。贝利辛根得到这个消息，很高兴，便照办了。

特鲁赫泽斯的军队向北推进，一路烧杀抢掠，把许多起义农民吊死的树上，甚至把一些没有参加起义而被认为可疑的人也吊死了。1525 年7 月，弗兰科尼亚的农民起义军在内奸贝利辛根和强敌特鲁赫泽斯的双重袭击下失败了。希普勒也被捕，死于狱中，他临死前说：“没有想到我信任的人变成了通敌奸细。”

特鲁赫泽斯镇压了弗兰科尼亚起义后，又转回士瓦本，扑灭了那里农民军的残余部队。