未几，进拜尚书右丞相，奏曰：「凡监察有失纠弹者从本法。若人使入国，私通言语，说知本国事情，宿卫、近侍官、承应人出入亲王、公主、宰执之家，灾伤阙食，体究不实，致伤人命，转运军储，而有私载，及考试举人关防不严者，并的杖。在京犯至两次者，台官减监察一等论赎，余止坐专差者。任满日议定升降。若任内有漏察之事应的决者，依格虽为称职，止从平常，平常者从降罚。」制可。高琪请修南京里城，宣宗曰：「此役一兴，民滋病矣。城虽完固，能独安乎？」

初，陈言人王世安献攻取盱眙、楚州策，枢密院奏乞以世安为招抚使，选谋勇二三人同往淮南，招红袄贼及淮南宋官。宣宗可其奏，诏泗州元帅府遣人同往。兴定元年正月癸未，宋贺正旦使朝辞，宣宗曰：「闻息州透漏宋人，此乃彼界饥民沿淮为乱，宋人何敢犯我？」高琪请伐之以广疆土。上曰：「朕但能守祖宗所付足矣，安事外讨。」高琪谢曰：「今雨雪应期，皆圣德所致。而能包容小国，天下幸甚，臣言过矣。」四月，遣元帅左都监乌古论庆寿、签枢密院事完颜赛不经略南边，寻复下诏罢兵，然自是与宋绝矣。

兴定元年十月，右司谏许古劝宣宗与宋议和，宣宗命古草牒，以示宰臣，高琪曰：「辞有哀祈之意，自示微弱不足取。遂寝。集贤院谘议官吕鉴言：「南边屯兵数十万，自唐、邓至寿、泗沿边居民逃亡殆尽，兵士亦多亡者，亦以人烟绝少故也。臣尝比监息州榷场，每场所获布帛数千匹、银数百两，大计布帛数万匹，银数千两，兵兴以来俱失之矣。夫军民有逃亡之病，而国家失日获之利，非计也。今隆冬冱寒，吾骑得骋，当重兵屯境上，驰书谕之，诚为大便。若俟春和，则利在於彼，难与议矣。昔燕人获赵王，赵遣辩士说之，不许，一牧竖请行，赵王乃还。孔子失马，驭卒得之。人无贵贱，苟中事机，皆可以成功。臣虽不肖，愿效牧竖驭卒之智，伏望宸断。」诏问尚书省。高琪曰：「鉴狂妄无稽，但其气岸可尚，宜付陕西行省备任使。」制可。十二月，胥鼎谏伐宋，语在鼎传。高琪曰：「大军已进，无复可议。」遂寝。

二年，胥鼎上书谏曰：「钱谷之冗，非九重所能兼，天子总大纲，责成功而已。」高琪曰：「陛下法上天行健之义，忧勤庶务，夙夜不遑，乃太平之阶也。鼎言非是。」宣宗以南北用兵，深以为忧，右司谏吕造上章：「乞诏内外百官各上封事，直言无讳。或时召见，亲为访问。陛下博采兼听，以尽群下之情，天下幸甚。」宣宗嘉纳，诏集百官议河北、陕西守御之策。高琪心忌之，不用一言。是时，筑汴京城里城，宣宗问高琪曰：「人言此役恐不能就，如何？」高琪曰：「终当告成，但其濠未及浚耳。」宣宗曰：「无濠可乎？」高琪曰：「苟防城有法，正使兵来，臣等愈得效力。」宣宗曰：「与其临城，曷若不令至此为善。」高琪无以对。

高琪自为宰相，专固权宠，擅作威福，与高汝砺相唱和。高琪主机务，高汝砺掌利权，附己者用，不附己者斥。凡言事忤意，及负材力或与己颉顽者，对宣宗阳称其才，使干当于河北，阴置之死地。自不兼枢密元帅之后，常欲得兵权，遂力劝宣宗伐宋。置河北不复为意，凡精兵皆置河南，苟且岁月，不肯辄出一卒，以应方面之急。平章政事英王守纯欲发其罪，密召右司员外郎王阿里、知案蒲鲜石鲁剌、令史蒲察胡鲁谋之。石鲁剌、胡鲁以告尚书省都事仆散奴失不，仆散奴失不以告高琪。英王惧高琪党与，遂不敢发。顷之，高琪使奴赛不杀其妻，乃归罪于赛不，送开封府杀之以灭口。开封府畏高琪，不敢发其实，赛不论死。事觉，宣宗久闻高琪奸恶，遂因此事诛之，时兴定三年十二月也。尚书省都事仆散奴失不以英王谋告高琪，论死。蒲鲜石鲁剌、蒲察胡鲁各杖七十，勒停。

初，宣宗将迁南，欲置飐军于平州，高琪难之。及迁汴，戒彖多厚抚此军，彖多辄杀飐军数人，以至于败。宣宗末年尝曰：「坏天下者，高琪、彖多也。」终身以为恨云。