宋安丙遣李孝义率步骑三万攻秦州，先以万人围皁角堡，高琪赴之。宋兵列阵山谷，以武车为左右翼，伏弩其下来逆战。既合，宋兵阳却。高琪军见宋兵伏不得前，退整阵，宋兵复来。凡五战，宋兵益坚，不可以得志。高琪分骑为二，出者战则止者俟，止者出则战者还，还者复出以更。久之，遣蒲察桃思剌潜兵上山，自山驰下合击，大破宋兵，斩首四千级，生擒数百人，李孝义乃解围去。宋兵三千致马连寨以窥湫池，遣夹谷福寿击走之，斩七百余级。

大安三年，累官泰州刺史，以飐军三千屯通玄门外。未几，升缙山县为镇州，以高琪为防御使，权元帅右都监，所部飐军赏赉有差。至宁元年八月，尚书左丞完颜纲将兵十万行省于缙山，败绩。贞祐初，迁元帅右监军。闰月，诏高琪曰：「闻军事皆中覆，得无失机会乎？自今当即行之，朕但责成功耳。」

是月，被诏自镇州移军守御中都迤南，次良乡不得前，乃还中都。每出战辄败，纥石烈执中戒之曰：「汝连败矣，若再不胜，当以军法从事。」及出，果败，高琪惧诛。十月辛亥，高琪自军中入，遂以兵围执中第，杀执中，持其首诣阙待罪。宣宗赦之，以为左副元帅，一行将士迁赏有差。丙寅，诏曰：「胡沙虎畜无君之心，形迹露见，不可尽言。武卫副使提点近侍局庆山奴、近侍局使斜烈、直长撒合辇累曾陈奏，方慎图之。斜烈漏此意于按察判官胡鲁，胡鲁以告翰林待制讹出，讹出达于高琪，今月十五日将胡沙虎戮讫。惟兹臣庶将恐有疑，肆降札书，不匿厥旨。」论者谓高琪专杀，故降此诏。顷之，拜平章政事。

宣宗论马政，顾高琪曰：「往岁市马西夏，今肯市否？」对曰：「木波畜马甚多，市之可得，括缘边部落马，亦不少矣。」宣宗曰：「尽括边马，缓急如之何？」阅三日，复奏曰：「河南镇防二十余军，计可得精骑二万，缓急亦足用。」宣宗曰：「马虽多，养之有法，习之有时，详谕所司令加意也。」贞祐二年十一月，宣宗问高琪曰：「所造军器往往不可用，此谁之罪也？」对曰：「军器美恶在兵部，材物则户部，工匠则工部。」宣宗曰：「治之！且将败事。」宣宗问杨安兒事，高琪对曰：「贼方据险，臣令主将以石墙围之，势不得出，擒在旦夕矣。」宣宗曰：「可以急攻，或力战突围，我师必有伤者。」

应奉翰林文字完颜素兰自中都议军事还，上书求见，乞屏左右。故事，有奏密事辄屏左右。先是，太府监丞游茂以高琪威权太重，中外畏之，常以为忧，因入见，屏人密奏，请裁抑之。宣宗曰：「既委任之，权安得不重？」茂退不自安，复欲结高琪，诣其第上书曰：「宰相自有体，岂可以此生人主之疑，招天下之议。」恐高琪不相信，复曰：「茂尝间见主上，实恶相公权重。相公若能用茂，当使上不疑，而下无所议。」高琪闻茂尝请间屏人奏事，疑之，乃具以闻。游茂论死，诏免死，杖一百，除名。自是凡屏人奏事，必令近臣一人侍立。及素兰请密，召至近侍局，给笔札，使书所欲言。少顷，宣宗御便殿见之，惟留近侍局直长赵和和侍立。素兰奏曰：「日者元帅府议削伯德文哥兵权，朝廷乃诏领义军。改除之命拒而不受，元帅府方欲讨捕，朝廷复赦之，且不令隶元帅府。不知谁为陛下画此计者，臣自外风闻皆出平章高琪。」宣宗曰：「汝何以知此事出于高琪？」素兰曰：「臣见文哥与永清副提控刘温牒云，差人张希韩至自南京，道副枢平章处分，已奏令文哥隶大名行省，毋遵中都帅府约束。温即具言于帅府。然则文哥与高琪计结，明矣。」上颔之。素兰复奏曰：「高琪本无勋望，向以畏死擅杀胡沙虎，计出于无聊耳。妒贤能，树党与，窃弄威权，自作威福。去岁，都下书生樊知一诣高琪，言飐军不可信，恐生乱。高琪以刀杖决杀之，自是无复敢言军国利害者。使其党移剌塔不也为武宁军节度使，招飐军，已而无功，复以为武卫军使。以臣观之，此贼灭乱纪纲，戕害忠良，实有不欲国家平治之意。惟陛下断然行之，社稷之福也。」宣宗曰：「朕徐思之。」素兰出，复戒曰：「慎无泄也。」

四年十月，大元大兵取潼关，次嵩、汝间，待阙台院令史高嶷上书曰：「向者河朔败绩，朝廷不时出应，此失机会一也。及深入吾境，都城精兵无虑数十万，若效命一战，必无今日之忧，此失机会二也。既退之后，不议追袭，此失机会三也。今已度关，不亟进御，患益深矣。乞命平章政事高琪为帅，以厌众心。」不报。御史台言：「兵逾潼关、崤、渑，深入重地，近抵西郊。彼知京师屯宿重兵，不复叩城索战，但以游骑遮绝道路，而别兵攻击州县，是亦困京师之渐也。若专以城守为事，中都之危又将见于今日，况公私蓄积视中都百不及一，此臣等所为寒心也。不攻京城而纵其别攻州县，是犹火在腹心，拨置于手足之上，均一身也，愿陛下察之。请以陕西兵扼拒潼关，与右副元帅蒲察阿里不孙为掎角之势，选在京勇敢之将十数人，各付精兵数千，随宜伺察，且战且守，复谕河北，亦以此待之。」诏付尚书省，高琪奏曰：「台官素不习兵，备御方略，非所知也。」遂寝。高琪止欲以重兵屯驻南京以自固，州郡残破不复恤也。宣宗惑之，计行言听，终以自毙。