在我没有把他们撵出门外之前，他们脑筋中不知道他们并非是主人；直到我把他们逐出时，他们才明白是为我雇用的。如畜生一般，我把他们赶走了。”一五○七年二月八日给他父亲的信。

拉波与洛多维科大为怨望；他们在翡冷翠散布谣言，攻击米开朗琪罗，甚至到他父亲那里强索金钱，说是米开朗琪罗偷他们的。

接着是那铸铜匠显得是一个无用的家伙。

“我本信贝尔纳尔迪诺师父会铸铜的，即不用火也会铸，我真是多么信任他。”

一五○七年六月，铸铜的工作失败了。铜像只铸到腰带部分。一切得重新开始。米开朗琪罗到一五○八年二月为止，一直在干这件作品。他的健康为之损害了。

“我几乎没有用餐的时间，”他写信给他的兄弟说，“……我在极不舒服极痛苦的情景中生活：除了夜以继日地工作之外，我什么也不想；我曾经受过那样的痛苦，现在又受着这样的磨难，竟使我相信如果再要我作一个像，我的生命将不够了：这是巨人的工作。”一五○七年十一月十日给他兄弟的信。

这样的劳作却获得了可悲的结果。一五○八年二月在桑佩特罗尼奥寺前建立的尤利乌斯二世像，只有四年的寿命。一五一一年十二月，它被尤利乌斯二世的敌人本蒂沃利党人毁灭了；残余的古铜被阿方斯特埃斯特收买去铸大炮。

米开朗琪罗回到罗马。尤利乌斯二世命他做另一件同样意想不到同样艰难的工程。对于这个全不懂得壁画技术的画家，教皇命他去作西斯廷教堂的天顶画。人们可以说他简直在发不可能的命令，而米开朗琪罗居然会执行。

似乎又是布拉曼特，看见米开朗琪罗回来重新得宠了，故把这件事情作难他，使他的荣名扫地。这至少是孔迪维的意见。但我们应得注意在米开朗琪罗没有逃到博洛尼亚之前，要他作西斯廷壁画的问题已经提起过了，那时节布拉曼特对于这计划并未见得欢欣，因为他正设法要他离开罗马。（一五○六年五月皮耶特罗洛塞利致米开朗琪罗书）即在这一五○八年，米氏的敌手拉斐尔在梵蒂冈宫开始Ｓｔａｎｚａ那组壁画，获得极大的成功，故米开朗琪罗的使命尤其来得危险，因为他的敌人已经有了杰作摆在那里和他挑战。在一五○八年四月至九月中间，拉斐尔画成了所谓“诸侯厅”中的壁画。其中有《雅典学派》、《圣体争辩》等诸名作。他用尽方法辞谢这可怕的差使，他甚至提议请拉斐尔代替他：他说这不是他的艺术，他绝对不会成功的。但教皇尽是固执着，他不得不让步。

布拉曼特为米开朗琪罗在西斯廷教堂内造好了一个台架，并且从翡冷翠召来好几个有壁画经验的画家来帮他忙。但上面已经说过，米开朗琪罗不能有任何助手。他开始便说布拉曼特的台架不能用，另外造了一个。至于从翡冷翠招来的画家，他看见便头痛，什么理由也不说，把他们送出门外。“一个早上，他把他们所画的东西尽行毁掉；他自己关在教堂里，他不愿再开门让他们进来，即在他自己家里也躲着不令人见。当这场玩笑似乎持续到够久时，他们沮丧万分，决意回翡冷翠去了。”见瓦萨里记载。

米开朗琪罗只留着几个工人在身旁；在米开朗琪罗一五一○年致父亲书中，他曾提及他的助手什么也不能做的话，“只要人家去服侍他……当然我不能管这些！我自己已感到帮助的人不够！他使我受苦如一头畜牲”。但困难不独没有减煞他的胆量，反而使他把计划扩大了，他决意在原定的天顶之外，更要画四周的墙壁。

一五○八年五月十日，巨大的工程开始了。暗淡的岁月，——这整个生涯中最暗淡最崇高的岁月！这是传说上的米开朗琪罗，西斯廷的英雄，他的伟大的面目应当永远镂刻在人类的记忆之中。

他大感痛苦。那时代的信札证明他的狂乱的失望，决非他神明般的思想能够解救的了：“我的精神处在极度的苦恼中。一年以来，我从教皇那里没有拿到一文钱；我什么也不向他要求，因为我的工作进行的程度似乎还不配要求酬报。工作迟缓之故，因为技术上发生困难，因为这不是我的内行。因此我的时间是枉费了的。神佑我！”一五○九年正月二十七日致他的父亲书。

他才画完《洪水》一部，作品已开始发霉：人物的面貌辨认不清。他拒绝继续下去。但教皇一些也不原谅。他不得不重新工作。