事情的经过是：海盗乘一只小汽艇喊话，说他们柴油差不多用光了，请把他们送到最近的一个港口去。他们上船，就把船员们捆了起来，抓走汤姆的父亲和福斯特先生。

汤姆和巴德帮助他们修复好被海盗破坏的机器。船长告诉说，一个名叫“简皮特”的巴拿马船将是海盗的下一个袭击目标。小伙子们告别了“樱草”号船员、驾驶潜艇，朝“简皮特”的航线驶去，下潜十米，让“简皮特”从潜艇头上经过，然后再浮出水面，从后面保护它，用潜艇舰桥上的雷达捕捉海盗的飞机，在它开始飞过的一刹那，用潜艇的干扰器使飞机发出的射线失灵。

汤姆的潜艇成功地保护了“简皮特”号船，继续向斯佩尼尔岛航行。他们小心地通过了水雷区，粗铁条编的铁网又拦住了海峡的通道。巴德钻进救生衣，用能伸缩的机械手拿起切割机，像拉断蜘蛛网一样，很容易就把大铁条网切断了。当他们继续前进，来到海盗的巢穴时，丹西特又用专门设计的铁链网，把他们扣在水下。汤姆为了到水上边同他们斗智，佯装投降。他和巴德把微形的电烙铁和无线电收发报机分别藏在鞋里。海盗把他们带到岛下一座现代化的实验室里。奇尔科特和丹西特正在收拾从汤姆那里偷来的喷气机，在机上装了脉冲射线发生器。现在，他们又阴谋策划用刚到手的汤姆的喷射潜艇去袭击‘福尔科恩’号船，船上的保险箱里装着宝石。

丹西特把汤姆和巴德推到门上通着高压电的石洞小屋里。巴德从鞋子里拿出那支钢笔无线电报话机，同关在另一间小屋里的斯威夫特、内德和福斯特先生取得了联系。内德告诉他们，要想个办法，使门上电流短路，就有办法出来了。

汤姆从鞋里拉出那支电烙铁铅笔，用笔熔化了铝栅门的下边。当熔化的铝碰到地面时，突然出现一道耀眼的闪光，接着是一阵劈啦声响，山洞里一片黑暗。

汤姆完成了短路！门不再是威胁了。他们又设计从看守那里夺到门的钥匙，打开了门，把父亲、内德叔叔和福斯特先生等都释放了出来。

海盗外出袭击船舰时，由于汤姆没有把“海上标枪”上的干扰器关上，他们发出的射线让干扰器破坏了。海盗受挫回来时，飞机坠毁了。

奇尔科特组织的海盗集团被一网打尽。是奇尔科特出的主意：把奇特的狗头硬币做为这一集团成员间互相识别的标志。

汤姆手里有带狗头的硬币，对这个集团来说非常危险，所以，丹西特就溜到斯威夫特家偷回他掉在机场上的那枚硬币。

美国官方警察乘飞机来了。他们祝贺汤姆和他的同事们出色地完成了围剿海盗的任务，然后把俘虏全部带走了。