事情还有更为深刻和错综的内容。李蛰的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李蛰的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李蛰究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹是生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈；地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。

这次事件已经早有前兆。5年之前，即1596年，有一位姓史的道台就想驱逐李蛰。仅仅因为李蛰的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李蛰对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建设有经过官方批准，理应拆毁，李蛰答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李蛰则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官外更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅情然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，富绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。

事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李蛰北上，并且慷慨地供应地和随从增众的生活所需，使李炎的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仲嘉者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。

在生命中的最后一年里，他致力于《易经》的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李蛰既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李费提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文权”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外联携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就波，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。

然而在这易代的前夕，李蛰又如何为自己打算呢？即使其对李蛰还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为利科绘事中张问达所解决。张问达递上了一本赛疏，参劾李蛰邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李蛰的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可根者，寄居麻城，律行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引土人妻女入庵讲法，至有携装枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆土人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李蛰妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“选来缓绅大夫，亦有学咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李蛰已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。

皇帝看罢奏流之后批示：李蛰应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。