这一切使年轻的皇帝感到他对张居正的信任是一种不幸的历史错误。张先生言行不一，他满四节俭，但事实证明他的私生活极其奢侈。他积聚了许多珠玉玩好和书画名应，还蓄养了许多绝色佳人，这些都是由趋奉化的佞幸呈送的。得悉了此项新闻，万历又感到十分伤心。这10年来，他身居九五之尊，但是被限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上等待有钱以后再行兑现；他的外祖父因为收入不足，被迫以揽纳公家物品年利而被当众申饬。但是，这位节俭的倡导者、以圣贤自居的张居正，竟如此口是心非地占尽了实利！

从1582年的冬天到1583年的春天的几个月之间，皇帝的情绪陷于紊乱。大学士张四维提议建造寿宫，即预筑皇帝的陵墓，以此来分散皇帝对张居正事件的不快。l583年春，适逢三年一度的会试。按照传统，皇帝以自己的名义亲自主持殿试，策文的题目长达500字。他询问这些与试举人，为什么他越想励精图治，但后果却是官僚的更加腐化和法令的更加松懈？这原因，是在于他缺乏仁民爱物的精神，还是在于他的优柔寡断？毫无疑问，这样尖锐的试题，如果不是出于皇帝自己的指示，臣下是决不敢擅拟的。

如果说万历确有优柔寡断的缺点，他的廷臣却正在勇往直前。清算张居正的运动继续发展，事情一定要弄到水落石出。这几个月之中，几乎所有因触犯故太师而得罪的官员一律得到起复，降为庶民的复职，充军边地的召回。至于这些人所受的处分是否咎由应得，则不在考虑之列。但是清算运动还有一大障碍，就是司礼监太监冯保。他和张居正串通一气，至今还掌握着东厂的锦衣卫特务，如果不加葡除，毕竟后患无穷。于是又由冯保的下属，两个司礼监宦官出头直接向皇帝检举：万岁爷的亲信之中，以冯保最为狡猾。他假装清廉，但前后接受的贿赂数以亿万计。甚至在张居正去世之日，他还亲自到张家取出珠帘五副，夜明珠九颗，都是无价之宝。则万岁爷理应把他的罪状公布于天下，并籍役其家产。他们的说辞娓娓动听，除了冯保的遗缺司利监太监和东厂应由他们两人分别接替以外，所有想说的话都已说尽。但是皇帝还在犹豫：

“要是大伴上殿吵闹争辩，又当如何应付？”

宦官启奏：“万岁爷，冯保纵有天大的胆子也不敢如此妄为！”

于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君合国，本应叛处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闭住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。因为从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么程度！

依此类推，还应该没收张居正的财产，因为他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个决心。一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“待朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。

然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二。其一为郑氏的作用，其二为慈圣太后的干预。郑氏在1583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人能获悉。