大概过了80年后，古希腊伊奥尼亚地区的另一座城市爱菲斯城诞生了另一位伟大的哲学家赫拉克利特（Heracleitus）。据说他是该城世袭的祭司的后裔，但他把继位权让给了他的兄弟。后来他隐居在阿耳忒弥神庙里，跟小孩们玩游戏。旁人围观，他说：“混蛋，有什么好奇怪的？这难道不比参加你们的公民生活更好吗？”最后他变得十分厌恶他的同胞，并流浪于山间，靠吃草根树皮维持生活。结果这种生活使他在60岁那年得了水肿病，于是他返城求医。但有“晦涩哲人”之称的他临死之际还跟医生玩了个哑谜，问他们能否在大雨之后使大地变干。医生弄不懂他的意思，于是他让自己在阳光下曝晒，然而不见效。他又在一个牛棚里用牛粪把自己埋起来，希望牛粪的温度能排除体内的有毒湿气，但第二天他就去世了。更有传闻说他死后被野狗吞食了。

贵族出身的赫拉克利特自视甚高，因为他认为，“一个人如果最优秀，我看就抵得上一万人。”他也敢于反对一切传统权威，就连鼎鼎有名的诗人荷马和赫西俄德，他也不放在眼里。他曾说：“应该把荷马从赛会中赶出去，并且抽他一顿鞭子。”

他写过题为《论自然》的著作，分为“论宇宙”、“论政治”和“论神灵”三部分。他把该书藏在阿耳忒弥神庙里，而且故意把书写得非常晦涩，希望只有行家才看得懂。然而该书为他获得了巨大名声。只可惜该书大多已失传，现只留存130多段残篇。

与泰勒斯的观点不同，赫拉克利特认为，火是世界的本原。世界是“在一定分寸上燃烧又在一定分寸上熄灭的一团活火”。火产生一切，一切又都复归于火。

而这种产生和复归，都是基于一种“对立斗争和报复”原则的。他说：“万物都换成火，火又换成万物，正如货物换成黄金，黄金又换成货物一样。”在不断的变换中，火经由收缩变成湿气，再浓缩变成水；水凝结后又变成土。这一过程他叫做“下行之路”。反过来，土又液化变成水；水进一步稀化变成了火。这一过程他叫做“上行之路”。这两种互相矛盾的过程是对立统一的。世界是按照一定的规律永恒运动的。

因此，他提出“一切皆流，无物常住”的观点；宣称“太阳每天都是新的”；认为“我们存在而又不存在”；断言“人不能两次踏入同一条河流”，因为我们下次踏入的河流的水已经不是上次踏入时的水了。

赫拉克利特的思想渗透着浓厚的辩证法思想。作为爱菲斯学派的创立者，他也被称为古希腊辩证法思想的创始人。尽管他的辩证法是朴素的、自发的，并带有循环论的色彩，但这样的观点在遥远的古希腊是非常可贵的。辩证法大师黑格尔曾宣称：“没有一个赫拉克利特的命题，没有纳入我的逻辑学中。”列宁也曾说：“把他作为辩证法的奠基人之一，那是非常有益的。”