确实，达尔文在刚出海时还坚信世界是上帝创造，世界上的各种动植物都是上帝在最初一次造好就放到地上，它们就这样永远不变地，一代一代地繁衍下来。但是大自然这本书却不比那种黑纸白字的书，你越是仔细读下去就越能发现许多从未见过的东西。1832年9月达尔文来到阿根廷中部东海岸，发现地上有许多古代陆生物化石，他十分高兴，立即和科文顿奋力挖掘起来，苦战了三个多小时，挖出了一个完整巨大的剑齿兽化石，这东西真正有趣，和现代动物比，它的躯干像大象，牙齿像兔子，眼、耳、鼻又像海牛。象、兔子、海牛现在不是属于不同的目吗？过去它们怎么会集中在一起？半天挥镐撬石早把达尔文累得上气不接下气，现在这个新难题又叫它困惑不解。他一屁股坐在土坑里，双手捧着那个奇怪头骨化石，豆粒大的汗珠顺脸颊慢慢滚下，他一动也不动像突然遭了雷击电打一样地麻木了。半天，他才仰天长叹一声：“上帝啊！请原谅我对您怀疑，难道在造物之初，物种并不是这个样子？或着这物种本来就不是您造的？”他才把最后半句话说完，不由浑身打了一个寒颤，一身热汗瞬间变成一身凉水，——啊！我这样想是不是渎犯了上帝？科文顿在一旁听见这话，就问：“达尔文先生，您说什么？”达尔文连忙说：“啊！我没有说，什么都没说。天不早了，我们赶快收拾东西回船吧。”

但是，从此这个疑团就占据了达尔文的心：“地球上新的生物第一次出现到底是什么样子？”各位读者，许多伟大科学家之成长，常常起于最初的那一段自我一问。伽利略见自由落体，一问而研究出落体规律；牛顿见频果落地，一问而终悟出万有引力；哥白尼见托勒玫体系的繁琐，一问而生成出自己的日心说；开普勒见火星轨道与观察纪录的八分误差，一问而导致发现行星运行定律。一个人质量的养成，要学会坚内而拒外，防微而杜渐，出污泥而不染，相反一个人学问的做成，则要虚怀而多求，见缝插针，追蛛丝马迹而不舍。当他遇到可疑的东西时那一扪心自问，正是已将钥匙插入了锁孔，只待一拧，再一推门，一座神秘王国就豁然展现在眼前。这达尔文自从心里暗暗起了对上帝的怀疑，在以后的考察中就处处留心，时时在意了。

又过了三年，1835年9月，达尔文随贝格尔舰来到加帕戈斯群岛。这个岛位于太平洋东部离南美洲西海岸五、六百英里，它的历史不长，是几千年前由于海底火山喷发从海水里钻出来的一块小陆地。当达尔文和科文顿背着猎枪和标本袋上岸后，他们立即感觉到这支枪实在多余，岛上的所有动物并不怕人类。这主仆二人在岛上悠闲自得随意散步，而那些鸟兽或嬉戏于前，或不舍于后，好不快乐。突然他们看到许多大龟排成长队，足有几里长，浩浩荡荡向前着，而每只海龟少说也有一百多公斤。原来这个岛上缺水，它门是前往水源地喝水的。看他们那个样子，一会儿探出头来望望前面，离泉水还远着呢，又缩回脖子，一步一寸，不慌不忙地往前挪。达尔文看得好笑便跳上龟背，这龟就如背上落了一片树叶一样，毫无负重之感还是四平八稳地前进。泉水到了，龟们不顾一切地将头栽到水里，一连喝几十口水才喘一下气。原来他们这样喝一次就可以忍受好多天乾渴，那水都保存在心包里和膀胱里。难怪当地居民遇到缺水就杀这种大龟取水呢。同样是龟，为什么这个岛上的龟就有这种特殊本领呢？难道这是上帝专门为这里专造的新种吗？可是这个倒不过才几年啊。这以前上帝不是早就将所有的物种都造好了吗？