1727年2月28日，牛顿以85岁高龄在伦敦刚刚主持了皇家学会的一次会议，突然胆结石症发作，一阵酸痛昏迷过去。整整一天一夜，他才睁开那双疲倦的眼睛，汗水将他两`鬓的白发湿成一团。他看看周围，守在床边的有他的侄女凯瑟琳；有他忠实的朋友，《原理》第一版的出版助手哈雷；有《原理》第二版出版的助手，一位年轻的医生亨利．彭伯顿。他突然喊道：“科茨呢？他为甚么不在？”哈雷见他被疼痛折磨成这个样子，眼眶里早已噙着两汪泪水，又见他问起科茨，便知他的神态已不太清楚了。可怜的科茨，在1716年就以轻轻年纪不幸离开了人世，所以才调彭伯顿来继任出版助手的。这时牛顿也已清醒过来，便不再问甚么，只是紧紧地闭上眼睛，眼缝里渗出两行浑浊的泪水。凯瑟琳一下扑在舅舅的身上，不停地呜咽着。牛顿伸出他那双青筋突起，上面布满由于化学实验造成伤痕的手，抚着凯瑟琳的肩，睁开眼。他看看哈雷和彭伯顿，声音不大但很清晰地说：“是的，我该走了，连科茨他都先走了，我还留在这里干甚么？我本来就是上帝的仆人，早该回到他的身边。这一生，我为自然哲学，为我们至高无上的上帝尽了一点义务。我不知道世人将对我如何评价，不过我自己觉得我只不过像一个孩子，在海滨嬉戏，不时拾起一块较光滑些的石子，一个较美丽的贝壳，高兴地赏玩，至于真理的大海，则在我的面前远远未被发现呢。”

1727年3月20日，牛顿病逝，享年85岁。英国政府为他进行了国葬。他睡进了只有英国历史上最着名的艺术家、学者、政冶家、元帅才配安息的地方。他死后四年，人们为他立了雄伟的墓碑，并列了这样一段铭文：

伊萨克?牛顿爵士安葬在这里。他以近于超人的智力第一个证明了行星的运动与形状，彗星的轨道，海洋的潮汐。他孜孜不倦地研究光线的各种不同的屈折角，颜色所生成的种种性质。对于自然、考古和圣经，他是一个勤勉、敏锐和忠实的诠释者。在他的哲学中确认上帝的尊严，并在他的举止中表现了福音的纯朴。让人类欢呼曾经存在过这样伟大的一位人类之光。

牛顿便这样在科学与神学的混合中结束了自己的一生。这颗巨星殒落之后，近代科学的舞台上又有哪些人物登场，且听以后慢慢分解。