1942年赴重庆，被选为中华全国文艺界抗敌协会理事，兼任创作研究部副部长。

1945年到四川三台，任内迁的东北大学副教授。抗战胜利后到上海，任大夏大学副教务长，代理文学院长。

在此期间出版有报告文学集《四月交响曲》，短篇小说集《 M站》、《差半车麦秸》，中篇小说《牛全德和红萝卜》、《重逢》，长篇小说《戎马恋》（一名《金千里》）、《新苗》、《春暖花开的时候》、《长夜》，论文集《小说是怎样写成的》，传记文学《记卢镕轩》等，并研究明代历史，发表了《明初的锦衣卫》、《崇祯皇帝传》等学术论著。

他的小说多写农民在战乱中的变化和反抗斗争，为新文学人物画廊塑造了一批具有强悍豪爽性格的人物形象。作品朴素自然，语言生动，采用北方农村口语，为实践文艺大众化做出了贡献。

中华人民共和国成立后，回郑州，后调武汉从事专业创作。1957年错划为右派，1960年被摘掉“右派”帽子。

姚雪垠在逆境中开始创作他的代表作 5卷本长篇历史小说《李自成》，这一史诗性的作品，以宏大的规模、壮阔的气势反映了宽广的社会历史生活，再现了明末波澜壮阔的农民战争，人物性格鲜明，具有深远的悲剧内蕴。1963年出版了第 1卷，译成日文后获日本文部省、外务省颁发的文化奖；1976年出版的第2卷获首届茅盾文学奖。