孝昌元年春正月庚申，徐州刺史元法僧据城反，害行台高谅，自称宋王，号年天启，遣其子景仲归于萧衍。衍遣其将胡龙牙、成景隽、元略等率众赴彭城。诏秘书监、安乐王鉴回师以讨之。鉴于彭城南击元略，大破之，尽俘其众。既而不备，为法僧所败。衍遣其豫章王综入守彭城，法僧拥其僚属、守令、兵戍及郭邑士女万余口南入。诏镇军将军、临淮王彧，尚书李宪为都督，卫将军、国子祭酒、安丰王延明为东道行台，复仪同三司李崇官爵，为东道大都督，俱讨徐州。崇以疾不行。癸亥，萧宝夤、崔延伯大破秦贼于黑水，斩获数万。天生退走入陇西，泾、岐及陇东悉平。以太师、大将军、京兆王继为太尉，余官如故。

二月，以领军将军元叉为骠骑大将军、仪同三司。诏追复乐良王长命本爵，以其子忠绍之。侍中、特进、卫大将军穆绍为仪同三司。戊戌，大赦。壬辰，莫折念生遣都督杨鲊、梁下辩、姜齐等攻仇池郡城，行台、东益州刺史魏子建遣将盛迁击破之，斩下辩、齐等首。壬寅，诏曰：「劝善黜恶，经国茂典。其令每岁一终，郡守列令长，刺史列守相，以定考课，辩其能否。若有滥谬，以考功失衷论。」是月，齐州魏郡民房伯和聚众反。会赦，乃散。三月己巳，诏太尉、西道都督、京兆王继班师。壬申，诏曰：「丞相高阳王，道德渊广，明允笃诚，仪型太阶，垂风下国，实所以予违汝弼，致治责成，宜班新制，宣之遐迩。其州郡先上司徒公文，悉可改上相府施行，符告皆亦如之。」甲戌，诏曰：「选众而举，其来自昔。朕缵承大业，综理万几，求贤致治，心焉若渴。知人则哲，振古所难，宜博访公卿，采兹声实。可令第一品以下五品以上，人各荐其所知，不限素身居职。必使精辩器艺，具注所能，然后依牒简擢，随才收叙。庶济济之美，无替往时；謇謇之直，有申兹岁。」萧衍遣其北梁州长史锡休儒、司马鱼和、上康太守姜平洛等入寇直城，梁州刺史傅竖眼遣息敬绍率众拒击，大破之，擒斩三千余人；休儒等走还魏兴。是月，齐州清河民崔畜杀太守董遵，广川民傅堆执太守刘莽反。青州刺史、安乐王鉴讨平之。是月，破落汗拔陵别帅王也不卢等攻陷怀朔镇。

夏四月，萧衍益州刺史萧渊猷遣将樊文炽、萧世澄等率众围小剑戍。益州刺史邴虬遣子子达、行台魏子建遣别将淳于诞拒击之。辛卯，皇太后复临朝摄政，引郡臣面陈得失。诏曰：「朕以寡昧，夙承天历，茫若涉海，罔知所济，实凭宗社降祐之灵，庶勉幼志，以康世道。而神龟之末，权臣擅命，元叉、刘腾阴相影响，遂使皇太后幽隔后宫，太傅、清河王无辜致害，相州刺史、中山王熙横被夷灭，右卫将军奚康生仍见诛翦。从此已后，无所畏忌，恣诸侵求，任所与夺。无君之心，积习稍久；不臣之迹，缘事弥彰。蔽耳目之明，专生杀之柄，天下为之不康，四郊由兹多垒。此而可忍，孰不可怀！虽屡经赦宥，未容致之于法，犹宜辨正，以射朝野。腾身既往，可追削爵位。叉之罪状，诚合徽纆，但以宗枝舅戚，特加全贷，可除名为民。」壬辰，征西将军、都督崔延伯大败于泾川，战殁。五月戊辰，淳于诞等大破萧衍军，俘斩万计，擒萧世澄等十一将。文识仅以身免，走成都。戊子，骠骑大将军、仪司三司李崇薨。六月癸未，大赦，改年。诏文武之官，从军二百日，文官优一级，武官优二级。蠕蠕主阿那瑰率众大破拔陵，斩其将孔雀等。诸将逼彭城，萧综夜潜出降，萧衍诸将奔退，众军追蹑，免者十一二。

秋八月癸酉，诏断远近贡献珍丽，违者免官。柔玄镇人杜洛周率众反于上谷，号年真王，攻没郡县，南围燕州。戊子，莫折念生遣都督杜黑兒、杜光等攻仇池郡。行台魏子建遣将成迁击破之，斩杜光首。九月乙卯，诏减天下诸调之半。丙辰，诏左将军、幽州刺史常景为行台，征虏将军元谭为都督，以讨洛周。辛酉，诏曰：「追功表德，为善者劝。祖宗功臣，勒铭王府；而子孙废替，沦于凡民，爵位无闻，迁流有失。颍川名守，重泉令宰，惠风美政，结于民心，而犹同常品，未蒙褒陟，非所谓爱及甘棠，彝伦攸叙者也。其功臣名将为先朝所知，子孙屈塞不见齿叙，牧守令长声称卓然者，皆仰有司具以名闻。朕将振彼幽滞，用阐治风。」壬戌，诏百官五品已上，各举所知。辛未，曲赦南、北两秦州。