自德宗以来，内外乖贰，石头以外，皆专之于荆、江，自江以西则受命于豫州，京口暨于江北皆兗州刺史刘牢之等所制，德宗政令所行，唯三吴而已。恩既作乱，八郡尽为贼场，及丹阳诸县处处蜂起，建业转成蹙弱。且妖惑之徒，多潜都邑，人情危惧，恆虑大兵窃发。于是众军戒严，刘牢之共卫将军谢琰讨之。贼等禁令不行，肆意杀戮，士庶死者不可胜计，或醢诸县令以食其妻子，不肯者辄支解之，其虐如此。骠骑长史王平之死未葬，恩剖棺焚尸，以其头为秽器。牢之率军讨破之。琰将至吴兴，贼徒遁走，驱逼士庶，奔于山阴。诸妖乱之家，妇女尤甚，未得去者，皆盛饰婴兒投之于水而告之曰：「贺汝先登仙堂，我寻复就汝也。」贼既走散，邑屋焚毁，郛郭之中，时见人迹，经月乃渐有归者。谢琰留屯乌程，遣其将高素助牢之。牢之率众军济江。初，孙恩闻八郡响应也，告诸官属曰：「天下无复事矣，当与诸君朝服而至建业。」既闻牢之临江，复曰：「我割据浙江，不失作勾践也。」寻知牢之已济，乃曰：「孤不耻走。」于是乃走。缘道多遗珍宝，牢之将士争取之，不得穷追。恩复入于海。初，三吴困于虐乱，皆企望牢之、高素等。既至，放肆抄暴，百姓咸怨毒失望焉。

孙恩在海，妖众转复从之。既破永嘉、临海，复入山阴。谢琰战殁。于是建业大震。遣冠军将军、东海太守桓不才，辅国将军孙无终，广陵相高雅之等东讨恩。吴兴太守庾恆虑妖党复发，大行诛戮，杀男女数千人。孙恩复破高雅之于余姚，雅之走还山阴。元显自为后将军、开府仪同三司、都督十六州，本官悉如故；封子彦章为东海王，食吴兴四万余户，清选文学臣僚，吏兵一同宗国。孙恩浮海奄至京口，战士十万刘牢之隔在山阴，众军惧不敢旋，恩遂径向建业。德宗惶骇，遽召豫州刺史司马尚之。于时中外惊扰，而元显置酒高会，道子唯日祈于钟山。恩来渐近，百姓忷惧。尚之率精锐驰至，径屯积弩堂。恩时沂风，不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备，知尚之尚在建业，复闻牢之不还，不敢上，乃走向郁洲。恩别帅卢循攻没广陵，虏掠而去。

桓玄闻孙恩之逼也，乃建牙戒严，表求征讨。时恩去未还，玄表复至，元显等大惧，急遣止玄。庾楷密使自结于元显，说玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军。已当内应。元显得书大喜，遣张法顺谋于刘牢之，牢之同许焉。于是征兵装舰，将谋西讨。德宗改年曰地兴，以元显为大都督讨玄。玄军至，元显不战而败，父子并为玄所杀。后改年为大亨。

天兴六年十月，德宗遣使朝京师。德宗封桓玄为楚王，玄寻逼德宗手诏禅位。德宗出居永安宫。既受禅，封德宗为南康平固县王，居之寻阳。天赐元年，德宗在姑熟，二月，至寻阳。其彭城内史刘裕杀玄除州刺史桓脩，与刘毅等举兵讨玄。玄败走寻阳，携德宗兄弟至于江陵，又走荆州。荆州别驾王康产、南郡相王腾之迎德宗入南郡府。桓玄死。玄将桓振复袭江陵，斩王康产及腾之。将杀德宗，玄扬州刺史、新安王桓谦苦禁之，乃止。

时卢循执德宗广州刺史吴隐之，自号平南将军、广州刺史，令其党徐道覆据始兴，余郡皆以亲党居之。德宗复僭立于江陵，改章义熙。尚书陶夔迎德宗达于板桥，大风暴起，龙舟沉浚，死者十余人。德宗发江陵至寻阳，其益州刺史毛璩、参军谯纵反，攻涪城，克之，遂以益州叛德宗。德宗发姑孰，还建业。六月，太祖遣军攻德宗钜鹿太守贺申，申举城降。

永兴二年，卢循复起于岭南，杀德宗江州刺史何无忌于石城。咸欲以德宗北走，知循未下乃止。裕令抚军刘毅讨循，败于桑落洲，步走而还。裕党孟昶^[chǎng]、诸葛长民等劝裕拥德宗过江，裕不从。