四月戊子，奉武陵王遵爲大将军，承制，大赦，惟桓玄一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，衆谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：「王驹无罪而诛，此是翦除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？」驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝笺白大将军迎还，复其位。

玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，衆军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康産奉天子入南郡府。

初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之时爲玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康産皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚衆应振。爲玄举哀，立丧庭。谦率衆官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。

十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。

义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。

卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循爲广州刺史，以其党徐道覆爲始兴相。

二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其馀封赏各有差。

三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。

四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降爲中军将军，开府如故。

五年二月，僞燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶^[chǎng]监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步军进琅邪，所过筑城留守。

超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初谋是役，议者以爲贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：「不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉。」及入岘，帝举手指天曰：「吾事济矣。」衆问其故，帝曰：「师既过险，士有必死之志，馀粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。」

六月，超留羸老守广固，使其广甯王贺刺卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，爲龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。

大军分车四千两爲二翼，方轨徐行，车张幰，御者执肖，以骑爲游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固，获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。

七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：「汝不得张纲，何能爲也。」及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘爲界，献马千匹，不听。时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：「尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。」录事参军刘穆之遽入曰：「此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？」帝乃笑曰：「此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。」

十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千馀人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢衆五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。

初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：「今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还，无能爲也。」循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。