劭即僞位，百僚至者裁数十人，乃爲书曰：「徐湛之弑逆，吾勒兵入殿，已无所及。今罪人斯得，元凶克殄，可大赦，改元爲太初。」素与道育所定也。萧斌曰：「旧踰年改元。」劭以问侍中王僧绰，僧绰曰：「晋惠帝即位便改年。」劭喜而从之。初使萧斌作诏，斌辞以不文，乃使王僧绰。始文帝未崩前一日甲夜，太史奏：「东方有急兵，其祸不测，宜列万人兵于太极前殿，可以销灾。」上不从。及劭弑逆，闻而叹曰：「几误我事。」乃问太史令曰：「我得几年。」对曰「得十年」。退而语人曰：「十旬耳。」劭闻而怒，驱杀之。

即位讫，便称疾还入永福省，然后迁大行皇帝升太极殿，以萧斌爲尚书仆射，何尚之爲司空。大行大敛，劭辞疾不敢出。先给诸处兵仗，悉收还武库。遣人谓鲁秀曰：「徐湛之常欲相危，我已爲卿除之。」使秀与屯骑校尉庞秀之对掌军队。以侍中王僧绰爲吏部尚书，司徒左长史何偃爲侍中。

成服日，劭登殿临灵，号恸不自持。博访公卿，询求政道，遣使分行四方。分浙江以东五郡爲会州，省扬州，立司隶校尉，以殷冲补之。以大将军江夏王义恭爲太保，司徒南谯王义宣爲太尉。荆州刺史始兴王浚进号骠骑将军，王僧绰以先豫废立见诛。长沙王瑾弟楷、临川王烨、桂阳侯觊、新渝侯玠，并以宿恨死。礼官希旨，諡文帝不敢尽美称，諡曰中宗景皇帝。及闻南谯王义宣、随王诞等起义师，悉聚诸王于城内。移江夏王义恭住尚书下舍，分义恭诸子住侍中下省。

四月，立妻殷爲皇后。

孝武檄至，劭自谓素习武事，谓朝士曰：「卿等助我理文书，勿厝意戎阵。若有寇难，吾当自出，唯恐贼虏不敢动耳。」中外戒严。防孝武世子于侍中省，南谯王义宣诸子于太仓空屋。劭使浚与孝武书，言「上亲御六师，太保又执钺临统，吾与乌羊相寻即道。上圣恩每厚法师，令在殿内住，想弟欲知消息，故及」。乌羊者，南平王铄，法师，孝武世子小名也。

劭欲杀三镇士庶家口，江夏王义恭、何尚之说曰：「凡举大事，不顾家口；且多是驱逼。今忽诛其馀累，政足坚彼意耳。」劭乃下书，一无所问。

浚及萧斌劝劭勒水军自上决战，江夏王义恭虑义兵仓卒，船舫陋小，不宜水战。乃进策以爲「宜以近待之，远出则京师空弱，东军乘虚，容能爲患。不如养锐待期」。劭善其议。萧斌厉色曰：「南中郎二十年少，业能建如此大事，岂复可量。」劭不纳。疑朝廷旧臣不爲之用，厚抚王罗汉、鲁秀，悉以兵事委之，多赐珍玩美色以悦其志。罗汉先爲南平王铄右军参军，劭以其有将用，故以心膂委焉。或劝劭保石头城者，劭曰：「昔人所以固石头，俟诸侯勤王耳。我若守此，谁当见救，唯应力战决之。」日日自出行军，慰劳将士。使有司奏立子伟之爲皇太子。

及义军至新亭，劭登朱雀门躬自督战。将士怀劭重赏，皆爲之力战。将克，而鲁秀打退鼓，军乃止，爲柳元景等所乘，故大败。褚湛之携二子与檀和之同归顺，劭惧，走还台城。其夜，鲁秀又南奔。二十五日，江夏王义恭单马南奔，劭遣浚杀义恭诸子，以辇迎蒋侯神像于宫内，乞恩，拜爲大司马，封锺山郡王，苏侯爲骠骑将军。使南平王铄爲祝文，罪状孝武。二十七日，临轩，拜子伟之爲皇太子，百官皆戎服，劭独衮衣，下书大赦，唯孝武、刘义恭、义宣、诞不在原例。

五月三日，鲁秀等攻大航，鈎得一舶。王罗汉昏酣作妓，闻官军已度，惊放仗归降。是夜，劭闭守六门，于门内凿堑立栅，以露车爲楼。城内沸乱，将吏并踰城出奔。劭使詹叔儿烧辇及衮冕服。萧斌闻大航不守，惶窘不知所爲，宣令所统皆使解甲，寻戴白幡来降，即于军门伏诛。